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alphaflow

蛋白质构象集生成的流匹配模型

AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本,通过流匹配目标微调,专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合,提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性,为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。

awesome-AI-based-protein-design - AI蛋白质设计研究前沿资源汇总
Github人工智能开源项目深度学习生成模型结构预测蛋白质设计
本资源库汇集了AI驱动蛋白质设计领域的前沿研究成果,包括来自Nature、Science等顶级期刊的重要论文。内容涵盖概述、方法论和应用等多个方面,按类别进行组织。资源库持续更新,跟踪该领域最新进展,为研究人员提供参考。探索AI在蛋白质设计中的创新应用,关注这一不断发展的交叉学科领域。
PoseFlow - 高效实时人体姿态追踪算法
GithubPoseFlow人体姿态跟踪多人姿态估计开源项目深度学习计算机视觉
PoseFlow是GitHub上的开源人体姿态追踪项目,在实时多人追踪方面表现出色。它在PoseTrack挑战赛中achieve了高精度,支持各种数据集和可视化。该算法结合了深度学习和计算机视觉技术,适用于动作识别、行为分析等AI应用。PoseFlow提供Python实现,易于集成到现有系统中。它集成了AlphaPose和DeepMatching/ORB特征匹配技术,实现了高效准确的追踪。该项目提供完整代码和使用文档,可应用于计算机视觉、动作分析等领域。
gflownet - 基于图神经网络的离散对象生成框架
GFlowNetGithub图生成开源项目机器学习神经网络组合优化
gflownet是一个实现Generative Flow Network的开源框架,专注于离散和组合对象的生成,尤其适用于图结构。该项目基于图神经网络,支持多种GFN算法,提供离线和在线训练功能。gflownet包含完整的训练环境、算法实现和示例代码,可用于分子设计等任务,是研究GFN在图生成领域应用的有力工具。
foldcomp - 高效压缩和索引大规模蛋白质结构数据集的开源工具
FoldcompGithub开源项目数据存储氨基酸编码生物信息学蛋白质结构压缩
Foldcomp是一个开源的蛋白质结构压缩和索引工具。通过编码主链和侧链的扭转角,它将每个氨基酸残基压缩至13字节,大幅降低存储需求。Foldcomp支持单链PDB文件压缩,提供命令行和Python API接口,可进行压缩、解压缩、序列提取等操作。此外,Foldcomp还提供了多个预构建的大规模蛋白质结构数据库,如AlphaFoldDB和ESMAtlas,便于研究人员使用。
axflow - 模块化的TypeScript自然语言处理开发框架
AI应用开发AxflowGithubTypeScript开源项目框架自然语言处理
Axflow是一款模块化的TypeScript框架,用于开发强大的自然语言处理应用。其模块化设计支持逐步采用,形成完整的AI开发解决方案。主要模块包括无依赖SDK、数据连接框架和LLM质量评估工具。此外,Axflow还在开发高效数据处理、模型服务和微调库。Axflow旨在简化LLM操作,为开发者提供灵活和高效的TypeScript AI开发体验。
esm1b_t33_650M_UR50S - 以高级特征提取和预测提高蛋白质序列无监督学习的有效性
ESM-1bGithubHuggingface功能预测开源项目无监督学习模型结构预测蛋白质序列
ESM-1b是一个Transformer架构的蛋白质语言模型,通过对未标记的蛋白质序列进行自监督预训练,具备了结构与功能预测的无监督能力。该模型在远程同源检测和二级结构预测等任务上表现优良,可用于特征提取和模型微调。虽然ESM-2性能优越,但ESM-1b仍是研究蛋白质特征的重要工具。
sqlflow - 机器学习与SQL编程的先进集成
GithubKubernetesSQLFlowTensorFlowXGBoost开源项目机器学习热门
SQLFlow 是一款编译器,它将SQL程序编译成在Kubernetes上运行的工作流,支持包括机器学习训练、预测、模型评估等在内的AI作业。此平台支持MySQL、TiDB、Hive等多种数据库系统,以及TensorFlow、Keras、XGBoost等机器学习工具包。SQLFlow 致力于通过SQL增强机器学习模型开发,让拥有SQL技能的工程师也能轻松开发高级机器学习应用。
ByProt - 先进的蛋白质序列设计工具包
AI建模ByProtGithub反向折叠开源项目机器学习蛋白质设计
ByProt是一个专注于蛋白质研究中生成学习的多功能工具包。它主要用于基于结构的序列设计,提供高效的非自回归ProteinMPNN变体和LM-Design的官方实现。LM-Design作为ICML 2023口头报告的成果,是当前最先进的蛋白质序列设计模型。该工具包支持CATH和多链数据集的训练与评估,为研究人员提供灵活的蛋白质设计方案。
genie - 创新算法实现蛋白质从头设计 开源项目助力生物技术突破
GenieGithub开源项目氨基酸残基深度学习等变扩散蛋白质设计
Genie是一个开源的人工智能蛋白质设计项目,利用机器学习算法自动生成新型蛋白质结构。它提供完整的代码库,支持模型训练、结构采样和性能评估。研究人员可使用Genie设计长度为50至128个氨基酸的蛋白质,应用于生物技术、医药研发和材料科学等领域。项目集成了多种评估工具,为蛋白质工程提供了创新解决方案,为研究人员带来新的可能性。
SmartflowAI - 生成式AI工作流程优化平台
AI工具SmartflowAI工作流程智能平台生成式AI资源优化
SmartflowAI整合生成式AI技术,为企业提供工作流程优化解决方案。平台特色包括预构建工作流程、多样化AI技术栈和智能流程设计。通过这些功能,企业可以提高效率,实现资源优化。SmartflowAI不仅集成ChatGPT,还结合多种算法和数据API,为用户带来全面的AI赋能体验。
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