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evo

实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具

Evo生物基础模型DNA建模基因组尺度序列设计Github开源项目

Evo是一个开源的生物基础模型，专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构，Evo实现了单核苷酸级别的序列建模，具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数，在OpenGenome数据集上训练，包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型，适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo，为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。

GithubGithubHuggingfaceHuggingface文档文档论文论文
介绍相关项目
Mol-Instructions - 大规模生物分子指令数据集助力大语言模型
GithubMol-Instructions大语言模型开源项目数据集生物分子蛋白质
Mol-Instructions是一个开放的大规模生物分子指令数据集,包含分子导向、蛋白质导向和生物分子文本三类指令。数据集涵盖分子设计、蛋白质功能预测等多个任务,通过AI协作、数据提取和模板转换等方法构建。该数据集旨在增强大语言模型在生物分子领域的表现,现已在Hugging Face平台发布。
enformer-pytorch - 基于深度学习的基因表达预测工具
DeepmindEnformerGithubHuggingfacePytorch基因表达预测开源项目
此项目实现了Deepmind的Enformer模型在Pytorch框架下的应用，用于预测基因表达，并支持微调预训练模型以适应下游任务。用户可以通过简易安装和提供的代码示例快速使用该模型。此外，该项目还包含染色质可及性预测的微调方法，并支持从Huggingface下载预训练权重。在内存优化和详细的安装、使用说明方面进行了多项改进，帮助用户高效地进行基因组数据分析和预测。
alphamissense - 全蛋白质组错义突变效应预测的革命性工具
AlphaMissenseGithub基因数据库开源项目模型实现氨基酸替换蛋白质序列
AlphaMissense是一个预测蛋白质错义变异效应的开源模型。该项目提供模型实现、数据处理流程和人类氨基酸替换的预计算结果。基于AlphaFold开发，AlphaMissense利用多个遗传数据库进行序列比对，为研究人员提供蛋白质变异影响分析。其预测结果可通过Ensembl VEP工具使用，支持蛋白质功能研究和相关疾病研究。
ugene - UGENE 跨平台开源生物信息学软件工具包
GithubQtUGENE开源项目生物信息学跨平台软件开发
UGENE是一个跨平台的生物信息学软件工具包，提供DNA序列分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟等功能。该项目基于Qt框架开发，支持Windows和*nix系统。UGENE的开源性质使研究人员和开发者能够根据特定需求进行构建和定制。项目要求Qt 5.12.0至5.15.x版本，并支持命令行和图形界面操作。
awesome-bioie - 免费工具和方法助力提取非结构化生物医学数据中的信息
BERTBioIEGithubLLMs开源项目生物医学数据自然语言处理
这个开源项目提供了一系列无需付费且许可要求低的资源，旨在从非结构化生物医学数据和文本中提取结构化信息。随着语言模型如BERT和GPT-4的引入，生物信息提取方法得到了显著优化。项目涵盖多个方面，包括研究概述、活跃群组、工具和数据集，所有资源均公开且积极维护。
EAGLE - 大型语言模型快速解码的新突破
EAGLEGithub大语言模型开源项目快速解码性能维持推理速度
EAGLE项目为大型语言模型提供了一种高效的快速解码方法。通过创新的特征外推技术，EAGLE显著提升了生成效率。其改进版EAGLE-2引入了动态草稿树结构，进一步优化了性能。与传统解码方法相比，EAGLE和EAGLE-2在13B模型上分别实现了3倍和4倍的速度提升。该开源项目不仅提供了多种预训练模型权重，还支持各类LLM架构，并配备了详尽的使用文档和评估工具。
Reinvent - 分子设计与优化的开源人工智能工具
GPUGithubPythonREINVENT分子设计开源项目机器学习
REINVENT 3.2是一个开源的分子设计与优化工具，结合深度学习和强化学习技术实现分子生成和优化。该基于Python的项目支持多种运行模式，使用JSON配置文件控制，并利用CUDA加速的GPU进行计算。REINVENT 3.2提供详细的安装指南、系统要求和使用教程，支持Jupyter notebook交互式使用，便于研究人员快速上手和实验。此外，项目还包含单元测试框架，可广泛应用于药物研发和材料设计等领域的分子设计任务。
Evolv AI - AI体验优化平台
AI优化AI工具实验数据驱动用户体验转化率
Evolv AI是一个AI驱动的体验优化平台，通过评估数字体验提供UX改进建议，自动化构建和优化用户体验。平台能生成实验所需代码、文案和图片，与现有技术无缝集成，持续优化多个客户接触点，提升转化率和收入等关键指标。该平台利用AI技术评估数字体验，支持数据驱动决策，实现个性化体验和实时优化，帮助企业提高关键业务指标。
AdaSeq - 完善的序列理解模型开发库，涵盖多种高级任务
AdaSeqGithubModelScopePyTorch命名实体识别序列理解开源项目
AdaSeq是由阿里巴巴达摩院开发的一体化序列理解工具库，构建在ModelScope之上。支持词性标注、分块、命名实体识别、实体类型化、关系抽取等多种任务。提供丰富的前沿模型和训练方法，优于许多现有框架。该库使用简便，只需一行命令即可生成模型，支持自定义模型和数据集。适用于研究人员和开发者，项目处于快速开发阶段，并提供多语言、多领域的数据集和在线演示。
evalscope - 综合性大语言模型评估开源工具
EvalScopeGithub可视化大语言模型开源项目模型集成评估框架
EvalScope是一个全面的大语言模型评估框架，集成了多种基准数据集和评估指标。该框架提供模型集成、自动评估和报告生成功能，并支持Arena模式和可视化分析。通过整合OpenCompass和VLMEvalKit评估后端，EvalScope实现了多模态评估能力。此外，它能与ModelScope SWIFT平台无缝对接，支持大模型的端到端开发流程。
相关项目
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