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evo

实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具

Evo是一个开源的生物基础模型,专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构,Evo实现了单核苷酸级别的序列建模,具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数,在OpenGenome数据集上训练,包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型,适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo,为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。

AI2BMD - AI驱动的高精度蛋白质分子动力学模拟工具
AI2BMDGithub分子动力学模拟开源项目机器学习蛋白质计算化学
AI2BMD是一个结合人工智能和从头计算方法的蛋白质分子动力学模拟工具。它包含AIMD-Chig数据集、ViSNet和Geoformer模型架构,以及完整的模拟程序。该工具在保持高精度的同时提高了模拟效率,为蛋白质研究和药物开发提供了新的研究方法。
jenetics - Java生态下的综合进化计算库
GithubJava库Jenetics优化开源项目进化算法遗传算法
Jenetics是一个Java开发的进化计算库,支持遗传算法、进化算法、语法进化等多种优化方法。它将基因、染色体等概念清晰分离,通过进化流执行算法步骤,可与Java Stream API无缝集成。该库提供全面文档,能够有效解决各类复杂优化问题。
alphafold3-pytorch - 基于PyTorch的蛋白质结构预测模型开源实现
AlphaFold 3GithubPytorch开源项目机器学习生物信息学蛋白质结构预测
这是AlphaFold 3的PyTorch开源实现项目。它包含完整的模型架构、训练和推理流程,以及详细的数据准备指南。项目支持原子级和分子级的输入处理,提供PDB数据集筛选和聚类脚本。丰富的文档和示例代码有助于用户理解和使用AlphaFold 3模型。该实现为蛋白质结构预测研究提供了有价值的开源工具。
PyEMMA - 开源分子动力学模拟分析软件包
GithubPyEMMA分子动力学模拟开源软件开源项目数据分析马尔可夫模型
PyEMMA是一个开源的Python/C软件包,用于分析大规模分子动力学模拟数据。它提供聚类、特征化、马尔可夫状态模型等算法,支持分子动力学数据的估计、验证和分析。该工具可通过Jupyter notebook或Python脚本使用,适合分子动力学研究人员进行数据分析和建模。PyEMMA具备高性能和易用性,在分子模拟领域广受欢迎。
chrombpnet - 深度学习模型分析染色质可及性和调控序列
ChromBPNetGithub开源项目染色质可及性深度学习转录因子顺式调控
ChromBPNet是一个用于分析染色质可及性数据的深度学习模型。它采用偏差因子化和全卷积神经网络,能在碱基分辨率上揭示调控序列特征、转录因子结合位点和调控变异。通过自动校正实验偏差,该模型可准确捕捉染色质轮廓的多尺度特征,为研究基因调控提供了新的计算工具。
shap-e - 基于文本和图像生成创意3D模型的开源工具
3D模型生成GithubShap-E图像条件生成开源项目文本条件生成深度学习
Shap-E是一个开源的3D模型生成工具,能够基于文本描述或图像输入创建独特的3D模型。项目提供了官方代码和预训练模型,支持文本到3D和图像到3D的转换。用户可通过pip轻松安装,并使用Jupyter notebooks快速上手。Shap-E展示了强大的创意能力,如根据'看起来像鳄梨的椅子'等提示生成相应的3D模型。
evalverse - 开源大语言模型评估工具集
AI研究EvalverseGithubLLM评估开源项目评估报告
Evalverse是一个开源的大语言模型评估工具集,提供统一、标准化的评估解决方案。支持多种评估方法,可无代码进行评估并生成报告。通过子模块扩展评估能力,集成lm-evaluation-harness和FastChat等框架。生成的详细报告包含分数、排名和可视化,便于比较不同模型性能。适用于AI研究人员及LLM领域新手。
Evoke AI - AI驱动的个性化美学推荐平台
AI产品筛选AI工具EvokeAI个性化推荐数字风格分身美学智能平台
Evoke AI是一个创新的AI美学智能平台,通过生成数字风格孪生体来优化艺术和图像的互动体验。平台运用AI技术解析用户审美偏好,呈现个人美学和性格特征,并提供定制化产品推荐。核心功能涵盖个性化推荐、AI产品策划和数字风格孪生体生成,为用户带来独特的审美探索和精准购物体验。Evoke AI致力于revolutionize用户与艺术的互动方式,打造个性化数字风格定制平台。
EwolveAI - 综合AI工具平台助力提升生产力
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EwolveAI是一个综合性AI工具平台,提供文本、图像、代码和聊天等多种生成功能。平台具备先进仪表板、多语言支持和自定义模板等特性,支持快速创建高质量内容。EwolveAI还集成了支付网关和客户支持系统,适用于数字营销、设计和开发等领域的专业人士。作为全方位AI解决方案,EwolveAI旨在提升用户的工作效率和生产力。
shorelark - 神经网络与遗传算法驱动的生物进化模拟器
GithubShorelarkWebAssembly开源项目神经网络进化模拟遗传算法
Shorelark是一个结合神经网络、遗传算法和高中数学知识的进化模拟项目。通过可视化界面,它展示了生物进化的过程,使观察者能直观理解进化机制。项目提供了实现教程,适合对人工智能和进化理论感兴趣的开发者与学习者。Shorelark支持多种构建方式,如Cargo和npm,以及Nix,便于不同背景的用户使用。
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