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chromap

开源工具实现染色质分析数据的快速对齐和预处理

Chromap是一款开源的染色质分析数据处理工具,专门用于高通量测序数据的快速对齐和预处理。它可处理ChIP-seq、ATAC-seq、scATAC-seq和Hi-C等多种数据类型,具备测序接头修剪、基因组比对和重复序列去除等功能。Chromap在保持高准确度的同时,将处理速度提升了10-20倍。该工具提供多种预设参数以适应不同实验类型,并支持BED、SAM和pairs等多种输出格式。

chrombpnet - 深度学习模型分析染色质可及性和调控序列
ChromBPNetGithub开源项目染色质可及性深度学习转录因子顺式调控
ChromBPNet是一个用于分析染色质可及性数据的深度学习模型。它采用偏差因子化和全卷积神经网络,能在碱基分辨率上揭示调控序列特征、转录因子结合位点和调控变异。通过自动校正实验偏差,该模型可准确捕捉染色质轮廓的多尺度特征,为研究基因调控提供了新的计算工具。
chroma - 用于蛋白质设计的可编程生成模型
ChromaGithub开源项目扩散模型条件控制生成模型蛋白质设计
Chroma是一个创新的蛋白质设计生成模型,结合了扩散建模、等变图神经网络和条件随机场技术。它提供多种蛋白质条件器,用于控制子结构、对称性和形状等,并支持自定义条件器开发。Chroma可高效采样全原子结构,实现骨架序列生成、侧链打包等蛋白质建模任务。在普通GPU上,Chroma能快速生成大型蛋白质复合物,为蛋白质设计领域带来新的可能性。
fastp - 快速全面的 FastQ 数据预处理工具
FastQ处理Githubfastp开源项目测序数据预处理生物信息学质量控制
fastp 是一款用于 FastQ 数据快速预处理的开源工具。它采用 C++ 编写并支持多线程,提供高效的质量控制、读段过滤、接头修剪和碱基校正等功能。fastp 可处理单端、双端及长读长数据,并生成详细的质量报告。其特点是处理速度快、功能全面且使用简便,适用于各类 FastQ 数据的预处理需求。
ComplexHeatmap - R语言复杂热图包 实现多维数据可视化与灵活注释
ComplexHeatmapGithubR语言包开源项目数据分析热图可视化生物信息学
ComplexHeatmap是一个用于创建复杂热图的R软件包,提供灵活的多热图排列和多样化注释功能。该工具可视化不同数据集间的关联并揭示潜在模式,支持单热图、带注释热图、热图列表和行注释等功能。ComplexHeatmap适用于展示基因组数据、甲基化谱和单细胞RNA测序等复杂数据,并能创建增强型OncoPrint、UpSet图和3D热图。其高度定制性使其成为生物信息学和数据科学领域的强大可视化工具。
galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台,为科研人员提供用户友好的界面,支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域,集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源,包括在线帮助、文档和培训材料,便于用户快速上手和充分利用平台功能。
genome-spy - 基于WebGL的基因组数据可视化工具包 支持多样本分析与交互
GenomeSpyGithubWebGL基因组可视化开源项目数据可视化生物信息学
GenomeSpy是一款基因组数据可视化工具包,采用Vega-Lite风格的语法和WebGL渲染技术。它能处理数千个患者样本,提供分面、过滤、排序和分组功能。此外,GenomeSpy具备交互式界面,支持会话管理、URL哈希和书签,方便研究人员分析复杂的基因组数据。
chroma - 支持快速构建基于Python或JavaScript的语言模型(LLM)应用的嵌入式数据库
ChromaGithubJavaScriptPython嵌入数据库开源开源项目热门
Chroma是一个开源的嵌入式数据库,支持快速构建基于Python或JavaScript的语言模型(LLM)应用。该项目提供了适用于开发、测试和生产环境的统一API,并且具备集成、查询、过滤和密度估计等丰富特性。通过简洁的API和完整的文档,用户可以轻松管理和查询集合中的文档数据,支持自定义或自动嵌入。项目采用Apache 2.0许可证,免费开源,欢迎开发者加入其社区,共同推动项目发展。
chroma.js - JavaScript颜色转换与色彩比例处理库
Chroma.jsGithubJavaScript库开源项目色彩处理颜色比例颜色转换
chroma.js是一个轻量级JavaScript库,用于颜色转换和色彩比例处理。支持RGB、HSL、LAB等多种颜色空间,便于创建和操作复杂色彩比例。提供颜色混合、亮度调整、对比度计算等功能。适用于Web和Node.js环境,适合数据可视化和设计工具开发。
mag - 宏基因组数据分析的综合生物信息学流程
Githubnf-core/mag分箱宏基因组开源项目注释组装
nf-core/mag是一个用于宏基因组分析的综合生物信息学流程。该流程支持短读和长读数据,涵盖从质量控制到功能注释的完整分析过程。其模块化设计允许灵活配置多种工具,适应不同类型的宏基因组研究需求。流程还集成了质量评估和可视化报告功能,便于研究人员评估分析结果。nf-core/mag流程整合了多种先进工具,实现宏基因组数据的高效处理。它能够执行reads分类、基因组组装、基因预测、分箱和分类等关键步骤。流程的设计考虑了不同研究需求,支持古DNA分析等特殊应用。通过提供标准化的分析流程,nf-core/mag有助于提高宏基因组研究的可重复性和可比性。
awesome-single-cell - 综合单细胞数据分析工具和方法清单
Github单细胞RNA测序基因表达分析开源项目生物信息学细胞群体分析软件包
该资源列表汇集了单细胞数据分析的软件包和方法,包括RNA-seq、ATAC-seq等数据类型。涵盖质量控制、基因网络识别、细胞聚类、降维和轨迹推断等分析步骤。同时提供教程、工作流程、网络门户和相关文献链接。列表持续更新,为单细胞研究提供全面参考。
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