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PyEMMA

开源分子动力学模拟分析软件包

PyEMMA是一个开源的Python/C软件包,用于分析大规模分子动力学模拟数据。它提供聚类、特征化、马尔可夫状态模型等算法,支持分子动力学数据的估计、验证和分析。该工具可通过Jupyter notebook或Python脚本使用,适合分子动力学研究人员进行数据分析和建模。PyEMMA具备高性能和易用性,在分子模拟领域广受欢迎。

api - Materials Project API 材料科学数据访问工具
APIGithubMaterials ProjectPython开发环境开源项目数据下载
Materials Project API是一个面向材料科学研究的开源工具,提供了访问Materials Project数据库的核心客户端实现。支持Python 3.9+,此API使用户能够高效地查询和下载大规模材料数据。项目提供详细文档,指导开发者如何使用API获取最新的材料数据。该工具旨在为材料科学研究提供数据支持,促进相关领域的创新和发展。
exoplanet - 基于PyMC的系外行星观测数据分析工具包
GithubPyMCexoplanet天文学开源项目时间序列分析概率建模
exoplanet是一个基于PyMC的开源工具包,专门用于天文学时间序列数据的概率建模,尤其适用于系外行星观测数据分析。它扩展了PyMC的功能,提供了针对系外行星数据集的自定义函数和分布。该工具包具有高性能的模型构建语言和推理引擎,能有效处理大量参数问题,为天文学研究提供了实用的数据分析解决方案。
AlphaFold3 - 预测蛋白质相互作用结构的开源工具
AlphaFold3GithubPyTorch开源项目深度学习蛋白质结构预测遗传扩散
AlphaFold3通过基因扩散模型实现了生物分子相互作用结构的精确预测。该模型处理包括聚合物序列、残基修饰和配体smiles符号等多种输入数据,适用于预测多达1000个残基的蛋白质结构。独特的交叉蒸馏方法和信心评估机制减少了模型幻觉问题,增强了预测的可信度。用户可通过PyTorch和Docker容器便捷安装和运行该模型。
deeptime - Python时间序列分析与动态建模库
Githubdeeptime动力学模型开源库开源项目时间序列分析机器学习
deeptime是一个专注于时间序列数据分析的Python库,集成了多种动态模型估计工具。该库涵盖传统线性学习方法(如马尔可夫状态模型、隐马尔可夫模型和Koopman模型)及先进的核方法和深度学习技术。与scikit-learn兼容的同时,deeptime还提供了独特的Model类,用于分析热力学、动力学和其他动态特性。该库支持多平台安装,适用于各类时间序列数据研究。
fame - 开源恶意软件自动化评估框架
FAMEGithubPython应用开源项目恶意软件分析框架自动化评估
FAME是一个开源的自动化恶意软件评估框架,旨在简化恶意文件分析过程。它能快速确定恶意软件家族,提取配置和IOC,大幅提高分析效率。FAME利用广泛的知识库,实现端到端的自动化分析。该项目基于Python开发,使用flask、celery和MongoDB等技术。FAME是'FAME Automates Malware Evaluation'的递归缩写,为恶意软件分析人员提供了强大的支持工具。
Enzyme.jl - Julia语言下的LLVM自动微分工具Enzyme
EnzymeGithubJuliaLLVM开源项目自动微分高性能计算
Enzyme.jl为LLVM自动微分工具Enzyme提供Julia语言接口。它可对静态分析的LLVM代码进行高效自动微分,性能与顶级AD工具相当。通过简洁API实现Julia函数的自动微分,适用于科学计算和机器学习。该项目处于活跃开发阶段,鼓励用户提供反馈。
alphaflow - 蛋白质构象集生成的流匹配模型
AlphaFlowAlphaFoldGithub分子动力学开源项目生成建模蛋白质构象集
AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本,通过流匹配目标微调,专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合,提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性,为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。
mujoco - 多关节动力学与接触仿真引擎 支持机器人与生物力学研究
GithubMuJoCo仿真开源项目机器人学深度学习物理引擎
MuJoCo是一个开源的通用物理引擎,专注于多关节动力学和接触仿真。该项目由Google DeepMind维护,为机器人学、生物力学、计算机图形和机器学习等领域提供高性能模拟。MuJoCo提供C语言API、Python绑定和Unity插件,支持OpenGL交互式可视化。研究人员和开发者可利用MuJoCo模拟复杂结构与环境的交互,进行高精度高效率的物理仿真研究。
rf_diffusion_all_atom - 全原子精度蛋白质结构生成工具
GithubRFDiffusion AA分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质设计
rf_diffusion_all_atom是一个基于AI的蛋白质结构生成工具,实现全原子精度的模型设计。该工具支持小分子结合蛋白和包含特定基序的蛋白质设计,提供简单的安装步骤和使用指南。rf_diffusion_all_atom能够生成自定义蛋白质结构,适用于药物发现和蛋白质工程等研究领域。
mim - OpenMMLab项目的统一管理和运行工具
GithubMIMOpenMMLab包管理命令行工具开源项目模型管理
MIM为OpenMMLab项目提供统一的管理接口,简化了包的安装卸载和模型库管理。它通过统一入口点简化了训练、测试和推理过程,并支持自定义项目构建和网格搜索,提高了开发效率和实验灵活性。
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