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snakepipes

基于Snakemake的多功能NGS数据分析工作流程

snakePipes提供多种NGS数据分析工作流程,包括DNA测序、ChIP-seq、RNA-seq等,支持等位基因特异性分析,并能轻松扩展到大规模数据集。这个基于Snakemake构建的框架旨在简化分析流程,提供灵活配置选项。通过Conda环境管理,snakePipes简化了安装过程,并为用户提供详细文档指导使用。该开源项目持续更新,旨在为生物信息学研究提供可靠、高效的分析工具,欢迎社区参与改进。

npi - 提供工具使用API,使AI代理能够操作和交互多种软件和应用
AI工具APIGithubNPiPython开源开源项目
NPi是一个开源平台,提供工具使用API,使AI代理能够操作和交互多种软件和应用。目前NPi正在积极开发中,未来版本的API可能会变化。用户可以通过命令行工具体验NPi,访问在线演示、示例和文档,学习使用和构建NPi工具。还可以加入Discord社区,参与NPi的发展。安装npiai包,即可轻松启动并创建首个NPi工具,如计算Fibonacci数。
plynx - 开源实验管理与数据工作流平台 助力数据科学研究
GithubPLynx可视化编辑器实验复现工作流管理开源项目数据处理平台
PLynx是一个开源的实验管理和数据工作流平台,适用于多个领域。该平台提供交互式工作流编辑器、自定义操作、进度监控和结果预览功能。PLynx采用可扩展架构,支持多种数据存储方案,适合管理各类数据科学实验和工作流。这个平台可以帮助研究人员和数据科学团队轻松管理、复制和追踪实验,提高工作效率和实验可重复性。
PhiFlow - 注重物理模拟与机器学习的开源仿真工具
GPU执行GithubPhiFlowPython开源项目机器学习模拟工具包
PhiFlow 是一款开源仿真工具包,专为优化和机器学习应用设计。它主要用 Python 编写,与 NumPy、PyTorch、Jax 和 TensorFlow 深度集成,利用这些框架的自动微分功能,简化涉及学习模型和物理仿真的可微函数构建。PhiFlow 特别适用于流体现象的 PDE 操作,通过联网操作支持实时可视化和交互控制,并支持 GPU 执行,为用户提供简洁、灵活且可扩展的编码体验。
evo - 实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具
DNA建模EvoGithub基因组尺度序列设计开源项目生物基础模型
Evo是一个开源的生物基础模型,专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构,Evo实现了单核苷酸级别的序列建模,具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数,在OpenGenome数据集上训练,包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型,适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo,为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。
nfstream - Python开发的多功能网络流量分析框架
GithubNFStream加密应用识别开源项目深度包检测系统可见性网络流量分析
NFStream是一个Python开发的网络流量分析框架,支持多平台运行。它提供高效的数据结构,简化网络数据处理。主要功能包括加密应用识别、系统可见性和统计特征提取,还可通过插件扩展。该框架旨在统一网络数据分析,为研究提供可重现的分析能力。
kedro - 生产级数据科学与工程管道框架
GithubKedro开源项目数据目录数据科学管道抽象项目模板
Kedro是一个开源Python框架,为生产环境中的数据科学项目提供支持。该框架整合了软件工程最佳实践,用于构建可重现、易维护和模块化的数据工程及科学管道。Kedro特性包括标准化项目模板、多功能数据目录、管道抽象、严格的编码规范以及灵活的部署选项。框架致力于促进团队协作,提升工作效率,并推动可复用分析代码的开发。Kedro尤其适合处理大规模原始数据的实际机器学习应用,有效克服了Jupyter笔记本和单次脚本的局限性。
py-spy - 轻量级Python程序性能分析工具
GithubPythonpy-spy开源项目性能分析跨平台采样分析器
py-spy是一个开源的Python程序采样分析器,无需修改代码即可可视化程序运行时间分布。使用Rust开发,具有低开销特性,可安全地分析生产环境代码。支持主流操作系统和多个CPython版本,提供性能记录、实时监控和堆栈转储功能。py-spy能生成多种格式的分析报告,包括火焰图,有助于开发者深入了解和优化Python程序性能。
barfi - Python流式编程库,集成现有工作流程
BarfiFlow Based ProgrammingGithubJupyter-NotebookPythonStreamlit开源项目
Barfi是一款Python流式编程库,提供图形化编程接口,支持集成现有Python工作流程。用户可通过Barfi.Block构建模式,使用Barfi.ComputeEngine进行执行。每个Block都包含输入输出接口和用户定义的可执行函数,支持在Streamlit组件中使用,并计划增加Jupyter-Notebook小部件。未来还将添加特定领域的组件,弥补现有库的局限性。
metaflow - 提升数据科学项目效率的人性化工具
GithubMetaflowNetflix人工智能开源项目数据科学热门生产部署
Metaflow是一个用户友好的库,专为帮助科学家和工程师管理和建立实际的数据科学项目而设计,最初由Netflix开发。它支持从快速本地原型设计到生产部署,并提供强大的云端可扩展性和依赖管理。适用于各种项目,从传统统计到最先进的深度学习,Metaflow旨在简化机器学习、人工智能和数据科学项目的流程。详细信息请访问Metaflow官网和文档。
DNA-Diffusion - 扩散模型生成调控DNA序列的新方法
DNA DiffusionGithub人工智能基因组学开源项目生成模型调控序列
DNA-Diffusion项目利用扩散概率模型生成调控DNA序列。该项目开发基于文本提示的模型,生成特定细胞类型或上下文相关的DNA序列。这些序列具有特定调控特性,如细胞特异性染色质状态、基因表达水平调控或转录因子结合位点。该研究旨在深化对正常发育和疾病中DNA调控序列特性的理解。
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