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RNA-FM

高精度RNA结构和功能预测的解释性基础模型

RNA-FM是一个基于未注释数据训练的RNA基础模型,在RNA结构预测和功能相关任务中表现出色。项目提供预训练模型和代码,支持RNA嵌入生成和二级结构预测。最新更新包含RNA家族聚类和类型分类教程,以及针对mRNA编码序列的mRNA-FM模型。RNA-FM为RNA研究提供了有力工具,有助于提高RNA结构和功能预测的准确性。

LucaOne - 整合核酸和蛋白质语言的通用生物模型
GithubLucaOne下游任务开源项目生物基础模型统一核酸和蛋白质语言预训练任务
LucaOne是一个整合核酸和蛋白质语言处理的生物基础模型。通过多任务预训练,该模型实现了DNA、RNA和蛋白质序列的高效表示学习。在序列分类、结构预测等多个下游任务中,LucaOne展现出优异性能。项目开源了训练数据、代码和预训练模型,为生物信息学研究提供了实用工具。
alphafold - 突破性的蛋白质结构预测AI系统
AlphaFoldDockerGithub开源项目深度学习生物信息学蛋白质结构预测
AlphaFold是DeepMind开发的人工智能系统,可高精度预测蛋白质三维结构。系统支持单体和多聚体蛋白预测,并提供TM-score和对齐误差等评估指标。AlphaFold结合深度学习和基因数据库,在CASP14竞赛中获得重大突破。其开源代码和预训练模型为研究人员提供了强大的蛋白质结构分析工具,有助于推动生物学和医学研究进展。
conditional-flow-matching - 连续正规化流模型的高效训练库
Flow MatchingGithubPyTorchTorchCFM开源项目生成模型连续正规化流
TorchCFM是一个专注于条件流匹配(CFM)方法的开源库,用于高效训练连续正规化流(CNF)模型。该库提供了多种CFM变体的实现,包括OT-CFM和[SF]2M,可用于图像生成、单细胞动力学和表格数据等任务。TorchCFM旨在帮助研究人员更便捷地使用和扩展这些先进的生成模型技术,缩小CNF与扩散模型之间的性能差距。
gpn - 基于DNA语言模型的基因组变异效应预测工具
DNA语言模型GPNGithub变异效应预测基因组预训练网络开源项目机器学习
GPN是一个基于DNA语言模型的开源项目,致力于基因组范围内的变异效应预测。项目包括单序列(GPN-SS)和多序列比对(GPN-MSA)两种模型,适用于人类和植物等多个物种的分析。GPN提供Python接口,支持自定义数据训练,并包含从数据集创建到变异效应预测的完整工作流程。这一工具为基因组研究提供了新的分析方法。
enformer-pytorch - 基于深度学习的基因表达预测工具
DeepmindEnformerGithubHuggingfacePytorch基因表达预测开源项目
此项目实现了Deepmind的Enformer模型在Pytorch框架下的应用,用于预测基因表达,并支持微调预训练模型以适应下游任务。用户可以通过简易安装和提供的代码示例快速使用该模型。此外,该项目还包含染色质可及性预测的微调方法,并支持从Huggingface下载预训练权重。在内存优化和详细的安装、使用说明方面进行了多项改进,帮助用户高效地进行基因组数据分析和预测。
DMFF - 革新分子模拟和力场参数化的全可微分子力场
DMFFGithub分子力场参数优化开源项目机器学习自动微分
DMFF是一个基于Jax的Python包,实现全可微分子力场模型。它简化力场参数化,支持点电荷和多极化模型,适用于水、生物大分子和有机聚合物系统。DMFF集成自动微分技术和AI优化,支持GPU加速,为分子系统研究和力场开发提供高效工具。
alphafold3-pytorch - 基于PyTorch的蛋白质结构预测模型开源实现
AlphaFold 3GithubPytorch开源项目机器学习生物信息学蛋白质结构预测
这是AlphaFold 3的PyTorch开源实现项目。它包含完整的模型架构、训练和推理流程,以及详细的数据准备指南。项目支持原子级和分子级的输入处理,提供PDB数据集筛选和聚类脚本。丰富的文档和示例代码有助于用户理解和使用AlphaFold 3模型。该实现为蛋白质结构预测研究提供了有价值的开源工具。
RADIO - 通过多模型融合提升性能的通用视觉基础模型
CLIPDINOv2GithubRADIOSAM开源项目视觉基础模型
AM-RADIO是一个将多个大型视觉基础模型蒸馏为单一模型的框架。其核心产物RADIO作为新一代视觉基础模型,在多个视觉任务中表现优异,可作为通用视觉骨干网络使用。RADIO通过蒸馏整合了CLIP、DINOv2和SAM等模型,保留了文本定位和分割对应等特性。在ImageNet零样本分类、kNN和线性探测分割等任务上,RADIO超越了教师模型,同时提升了视觉语言模型的性能。此外,RADIO支持任意分辨率和非方形图像输入,并提供了名为E-RADIO的高效变体。
DNA-Diffusion - 扩散模型生成调控DNA序列的新方法
DNA DiffusionGithub人工智能基因组学开源项目生成模型调控序列
DNA-Diffusion项目利用扩散概率模型生成调控DNA序列。该项目开发基于文本提示的模型,生成特定细胞类型或上下文相关的DNA序列。这些序列具有特定调控特性,如细胞特异性染色质状态、基因表达水平调控或转录因子结合位点。该研究旨在深化对正常发育和疾病中DNA调控序列特性的理解。
FinGLM - 一个开放的金融大模型项目,专注于利用AI技术深度解析上市公司年报,提供专业的金融分析
AI+金融FinGLMGithub年报数据集开源项目金融大模型
FinGLM是一个开放的金融大模型项目,专注于利用AI技术深度解析上市公司年报,提供专业的金融分析。通过结合最新的模型课程和技术更新,FinGLM旨在为金融专业人士提供精确并容易接入的数据解读工具。项目包括多种金融数据处理策略和问答系统,旨在简化投资者的决策过程并优化金融工作流。
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