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sarek

强大灵活的全基因组变异检测工作流

nf-core/sarek生物信息学基因组测序变异检测NextflowGithub开源项目

Sarek是一个用于全基因组或靶向测序数据变异检测的开源工作流。它支持多物种数据处理,可进行肿瘤/正常样本对比分析。基于Nextflow构建并使用容器技术,Sarek具有高度可重复性和易维护性。该工作流提供从原始数据到变异注释的完整分析,涵盖质控、比对、变异检测等关键步骤,为研究人员提供了强大的基因组分析工具。

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介绍相关项目
scrnaseq - 单细胞RNA测序数据分析流程 支持多种工具的开源项目
GithubNextflownf-corescRNAseq单细胞测序开源项目生物信息学
nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。
nextflow - 基于数据流模型的可扩展工作流系统 支持多平台部署
GithubNextflow可扩展性工作流系统并行计算开源项目数据流编程
Nextflow是一个基于数据流编程模型的工作流系统，用于创建可扩展、可移植和可重现的工作流。它简化了并行和分布式计算管道的编写过程，支持多种执行平台和依赖管理方式。Nextflow适用于本地机器、HPC集群、云平台和Kubernetes等环境，广泛应用于生物信息学等计算密集型领域。该项目拥有活跃的社区和完善的文档支持。
ARMOR - 灵活可扩展的RNA-seq分析工作流
ARMORGithubRNA-seqSnakemake工作流开源项目生物信息学
ARMOR是基于Snakemake的RNA-seq分析工作流，提供可重复、自动化的RNA-seq分析流程。包含质量控制、预处理和差异表达分析等模块，支持与iSEE包集成生成交互式结果浏览应用。ARMOR设计灵活，允许用户按需启用或禁用特定分析模块，并支持集成自定义分析脚本。该工具为研究人员提供了标准化、易用且可定制的RNA-seq分析解决方案。
rnaseq - 全面分析RNA测序数据流程
GithubNextflowRNA测序nf-core/rnaseq基因表达开源项目生物信息学
nf-core/rnaseq是一个用于分析RNA测序数据的开源生物信息学流程。它接收样本表和FASTQ文件作为输入,执行质量控制、修剪和比对,生成基因表达矩阵和质量报告。该流程支持多种比对和定量方法,提供全面的质量控制功能,包括读取、比对、基因类型、样本相似性和链特异性分析。适用于有参考基因组和注释的RNA-seq数据处理。
deepvariant - 基于深度学习的高精度变异检测工具
DeepTrioDeepVariantGithub变异检测基因组学开源项目深度学习
DeepVariant是一种基于深度学习的变异检测工具，主要用于二倍体生物的生殖系变异检测。该工具通过生成堆积图像张量，并利用卷积神经网络进行分类，最终输出VCF或gVCF文件。DeepVariant支持包括Illumina、PacBio HiFi和Oxford Nanopore在内的多种测序技术。它操作简便、经济高效，适用于Docker、本地硬件及云端环境。DeepTrio是其扩展工具，支持三人组变异检测。项目具有高准确率、灵活性，能处理多种测序方式及非人类物种的数据。
snakepipes - 基于Snakemake的多功能NGS数据分析工作流程
GithubNGS数据分析SnakePipesSnakemake基因组学开源项目生物信息学工作流
snakePipes提供多种NGS数据分析工作流程，包括DNA测序、ChIP-seq、RNA-seq等，支持等位基因特异性分析，并能轻松扩展到大规模数据集。这个基于Snakemake构建的框架旨在简化分析流程，提供灵活配置选项。通过Conda环境管理，snakePipes简化了安装过程，并为用户提供详细文档指导使用。该开源项目持续更新，旨在为生物信息学研究提供可靠、高效的分析工具，欢迎社区参与改进。
ampliseq - 全面高效的扩增子测序数据分析流程
Githubnf-core/ampliseq工作流程开源项目微生物组分析扩增子测序生物信息学
nf-core/ampliseq是一个全面的扩增子测序分析流程,支持多种扩增子和分类数据库。可处理Illumina、PacBio和IonTorrent数据,默认分析16S rRNA基因。基于Nextflow构建,具有高可移植性和可重复性。流程涵盖质控、ASV推断、分类注释、多样性分析等关键步骤,为微生物群落研究提供一站式解决方案。该流程采用模块化设计,可灵活配置分析步骤。支持多种分类数据库如SILVA、Greengenes等,满足不同研究需求。内置多种分析工具,如DADA2、VSEARCH等,确保结果可靠。自动生成详细报告和可视化结果,便于解读分析结果。适用于环境微生物、人体微生物组等多种研究领域。
mag - 宏基因组数据分析的综合生物信息学流程
Githubnf-core/mag分箱宏基因组开源项目注释组装
nf-core/mag是一个用于宏基因组分析的综合生物信息学流程。该流程支持短读和长读数据，涵盖从质量控制到功能注释的完整分析过程。其模块化设计允许灵活配置多种工具，适应不同类型的宏基因组研究需求。流程还集成了质量评估和可视化报告功能，便于研究人员评估分析结果。nf-core/mag流程整合了多种先进工具，实现宏基因组数据的高效处理。它能够执行reads分类、基因组组装、基因预测、分箱和分类等关键步骤。流程的设计考虑了不同研究需求，支持古DNA分析等特殊应用。通过提供标准化的分析流程，nf-core/mag有助于提高宏基因组研究的可重复性和可比性。
vsearch - 开源高性能生物序列分析软件
GithubVSEARCH去冗余序列比对开源项目生物信息学聚类分析
VSEARCH是一款开源的生物序列分析软件,支持去冗余、聚类和嵌合体检测等功能。它利用SIMD矢量化和多线程并行技术,可处理大型数据库。VSEARCH采用全局最优比对算法,精度高于USEARCH。软件支持多种CPU架构和操作系统,可读取压缩文件,是USEARCH的免费开源替代方案。此外,VSEARCH还支持全长和前缀去冗余、重复、反向互补、掩蔽、全局比对搜索等功能。可用于FASTQ文件分析、过滤、转换和合并配对末端读取。
cromwell - 开源生物信息学工作流管理系统
CromwellGithubWDL工作流管理系统开源软件开源项目生物信息学
Cromwell是专为生物信息学设计的开源工作流管理系统。它支持WDL语言，可在Terra平台运行或自行部署。系统提供Google Cloud和Azure后端支持，拥有活跃的社区和丰富的生态系统。Cromwell旨在提升生物信息学研究的效率和可重复性，是该领域的重要工具。
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