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TopoNetX

用于关系型数据分析的开源拓扑计算库

TopoNetX是一个开源的拓扑计算库,专门用于处理和分析复杂的关系型数据。该库支持构建细胞复形、单纯复形和组合复形等拓扑结构,提供边界算子、霍奇拉普拉斯算子和高阶邻接算子的计算功能。TopoNetX与NetworkX和Gudhi兼容,能够帮助研究人员和数据科学家探索数据的拓扑特性,适用于社交网络、生物系统等复杂系统的建模与分析。

grape - 高性能图处理和节点嵌入库
GRAPEGithub图可视化图处理图嵌入开源项目节点嵌入
GRAPE是一款高性能图处理和节点嵌入库,专为处理大规模图数据而设计。它采用Rust和Python混合开发,可在普通计算机和高性能集群上运行。GRAPE提供丰富的图加载、节点嵌入、分类和处理功能,支持多种嵌入模型和分类器。相比NetworkX,GRAPE在处理大规模图时表现更优。此外,GRAPE还提供详细的教程和文档,方便用户进行图分析和机器学习研究。
xorbits - 轻松扩展数据科学与机器学习工作负载的开源框架
GithubPython APIXorbits大数据处理开源计算框架开源项目机器学习
Xorbits 是一款开源计算框架,旨在简化数据科学和机器学习任务的扩展。从数据预处理到模型部署,Xorbits 支持整个流程。它可以利用多核或GPU加速单机计算,或扩展至数千台机器,以处理TB级数据和大型模型的训练。Xorbits 提供兼容 pandas、NumPy、PyTorch 和 XGBoost 等库的 Python API,无需深入了解基础设施即可完成工作负载扩展。
graph_nets - DeepMind的图神经网络库,支持TensorFlow和Sonnet
GithubGraph NetsSonnetTensorFlow安装开源项目演示
Graph Nets是由DeepMind开发的图神经网络库,兼容TensorFlow和Sonnet。支持Linux和Mac OS X,以及Python 2.7和3.4+。该库适用于CPU和GPU版本的TensorFlow,但需要单独安装TensorFlow。Graph Nets提供了详细的安装指南、使用示例和多个演示,包括最短路径、排序和物理预测任务。用户可以通过Colaboratory在浏览器中运行这些演示,体验图神经网络的灵活性和强大功能。
Top2Vec - 自动化主题检测和语义搜索的创新技术
GithubTop2Vec主题建模开源项目机器学习自然语言处理语义搜索
Top2Vec是一种创新的主题建模和语义搜索算法。它能自动检测文本主题,生成主题、文档和词向量的联合嵌入。该算法无需停用词列表和词形还原,可处理短文本,并提供内置搜索功能。通过识别文档密集聚类,Top2Vec为文本分析和信息检索提供了强大的解决方案。
gflownet - 基于图神经网络的离散对象生成框架
GFlowNetGithub图生成开源项目机器学习神经网络组合优化
gflownet是一个实现Generative Flow Network的开源框架,专注于离散和组合对象的生成,尤其适用于图结构。该项目基于图神经网络,支持多种GFN算法,提供离线和在线训练功能。gflownet包含完整的训练环境、算法实现和示例代码,可用于分子设计等任务,是研究GFN在图生成领域应用的有力工具。
texera - 基于工作流的协作数据分析系统 支持大规模计算及AI/ML技术
GithubTexera协作可视化工作流开源项目数据分析
Texera是基于云的协作数据分析系统,通过图形化工作流界面支持大规模计算和先进AI/ML技术。系统专注协作功能,为各背景用户提供类Google Docs的分析体验。Texera能处理海量数据,使非IT人员也可进行分析,并支持与长时运行作业交互。目前已应用于社交媒体分析、气候变化研究等多个领域。
ITK - N维科学图像处理与分析的开源跨平台工具包
GithubITKNumFOCUS医学影像图像处理开源软件开源项目
ITK是专门用于N维科学图像处理、分割和配准的开源跨平台工具包。它为医学图像处理、计算机视觉等领域提供了强大的分析功能。ITK同时支持C++和Python编程,拥有丰富的文档和示例资源,适用于教学、科研及商业应用。该项目获得NumFOCUS赞助,采用Apache 2.0开源许可证发布。
torchxrayvision - 胸部X光影像分析工具库
GithubTorchXRayVision开源项目数据集深度学习胸部X光预训练模型
TorchXRayVision是一个开源的胸部X光影像分析工具库,为多个公开数据集提供统一接口和预处理流程。它包含多种预训练模型,可用于快速分析大型数据集、实现少样本学习,以及在多个外部数据集上评估算法性能。该库旨在简化胸部X光影像研究工作流程,提高分析效率。
pyHGT - 大规模异构和动态图的图神经网络解决方案
Deep Graph LibraryGithubHeterogeneous Graph TransformerOAG DataSetWWW 2020pytorch_geometric开源项目
Heterogeneous Graph Transformer (HGT) 是一种基于 Pytorch Geometric 的图神经网络架构,设计用于处理大规模异构和动态图。项目主要包含核心模型代码、数据接口、训练和验证脚本。用户可以使用预处理好的 OAG 数据集或其他异构图进行训练。关键功能包括异构图卷积层、并行采样和深度图模型训练。安装简单,只需通过 pip 安装相关依赖即可运行。
ComplexHeatmap - R语言复杂热图包 实现多维数据可视化与灵活注释
ComplexHeatmapGithubR语言包开源项目数据分析热图可视化生物信息学
ComplexHeatmap是一个用于创建复杂热图的R软件包,提供灵活的多热图排列和多样化注释功能。该工具可视化不同数据集间的关联并揭示潜在模式,支持单热图、带注释热图、热图列表和行注释等功能。ComplexHeatmap适用于展示基因组数据、甲基化谱和单细胞RNA测序等复杂数据,并能创建增强型OncoPrint、UpSet图和3D热图。其高度定制性使其成为生物信息学和数据科学领域的强大可视化工具。
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