MODIStsp

{MODIStsp}是一个专门用于自动创建基于MODIS陆地产品数据的栅格时间序列的R包。{MODIStsp}允许对给定时间段内可用的MODIS数据执行多个预处理步骤（如下载、镶嵌、重投影和调整大小）。用户可以选择处理原始MODIS HDF文件中的特定图层。他们还可以选择从聚合的MODIS质量保证图层中提取哪些额外的质量指标，以及在表面反射率产品的情况下，从原始反射率波段计算哪些光谱指数。对于每个输出图层，输出将保存为对应每个可用获取日期的单波段栅格文件。还可以创建允许将整个时间序列作为单个文件访问的虚拟文件。所有处理参数都可以通过用户友好的GUI轻松选择，尽管也可以利用先前创建的选项文件进行非交互式执行。在"R"环境之外的独立执行也是可能的，允许使用MODIStsp的计划执行来自动更新与MODIS产品和范围相关的时间序列，只要有新的图像可用。

{MODIStsp}由Lorenzo Busetto和Luigi Ranghetti开发，意大利国家研究委员会环境遥感研究所（CNR-IREA）。这个包献给Lorenzo的记忆。

引用

引用{MODIStsp}请使用：

L. Busetto, L. Ranghetti (2016) MODIStsp: An R package for automatic preprocessing of MODIS Land Products time series, Computers & Geosciences, Volume 97, Pages 40-48, ISSN 0098-3004, https://doi.org/10.1016/j.cageo.2016.08.020, URL: https://github.com/ropensci/MODIStsp.

网站

欲了解更多信息、文档和使用示例，请参阅{MODIStsp}网站docs.ropensci.org/MODIStsp。

重要新闻

2021年10月29日 - {MODIStsp}（GitHub版本2.0.6.9000）支持061版本的产品。006版本将保持为默认产品版本，直到宣布其停用。可以通过MODIStsp()函数的prod_version参数或在GUI中选择来指定061版本。
2020年12月10日 - 在维护者去世后，{MODIStsp}重新提交至CRAN。现在{MODIStsp}专门献给Lorenzo Busetto（https://docs.ropensci.org/MODIStsp/articles/lorenzo）。
2020年9月1日 - {MODIStsp} 2.0.0 版本发布。提供了基于Shiny的新GUI界面，摆脱了对已归档的gWidgets/gWidgetsRGtk2的依赖。同时通过允许从命令行设置所有处理参数，大大简化了命令行使用。**注意：**由于引入的变更，使用{MODIStsp}之前版本创建的选项文件将不再有效。此外，使用{MODIStsp}的处理脚本可能需要稍作调整。
2020年5月9日 - {MODIStsp} 1.4.0 版本发布。转向使用GDAL3/PROJ6 WKTs进行投影表示，并使用{sf}进行所有内部矢量数据处理。增加了对MCD19A1和MCD19A2产品的支持。
2019年6月7日 - {MODIStsp} 1.3.9 版本发布。修复了导致MOD14A1产品崩溃的bug，增加了对MCD12Q2产品的支持，并移除了对某些产品不再可用的版本5的支持。
2019年3月5日 - {MODIStsp} 1.3.8 版本发布。修复了在GDAL版本>2.3时导致比例/偏移值应用不正确的问题（https://github.com/ropensci/MODIStsp/issues/163），并增加了对MOD21A1D.006、MOD21A1N.006和MOD21A2.006产品的支持。
2018年11月29日 - 我们最近发现了一个严重的bug，涉及某些自定义光谱指数的计算（那些包含反射率值加减运算的指数，如(b1_NIR+0.1) / b2_Red）。详情请参见这里。该bug已在1.3.7版本中修复。
2018年8月7日 - 我们很高兴地宣布{MODIStsp}现已被纳入rOpenSci软件包生态系统。我们感谢审阅者Leah Wasser和Jeffrey Hanson的宝贵意见，这些意见帮助我们进一步改进了软件包。
2018年7月10日 - {MODIStsp} 1.3.6 版本发布（查看发布说明了解更多详情）。
2018年6月20日 - {MODIStsp} 1.3.5 版本发布（查看发布说明了解更多详情）。
2018年4月11日 - 由于NASA新政策，MODIS FTP服务器自2018年4月2日起关闭。FTP下载因此不再可用，将在下一个MODIStsp版本中移除。
2018年4月11日 - MODIS版本5陆地数据产品停用。根据上述NASA通知，MODIS v005产品将被停用，不久将无法下载。对这些产品的支持将在下一个MODIStsp版本中移除。
2017年8月11日 - {MODIStsp} 1.3.3 今天发布。它提高了处理速度，并修复了常见bug（感谢所有反馈问题的用户）。查看发布说明了解更多详情。
2017年7月25日 - 从今天起，大部分与{MODIStsp}相关的内容已移至我们的新网站docs.ropensci.org/MODIStsp，该网站提供了更好的用户界面和更便捷的MODIStsp相关信息访问。从现在开始，请访问新网站获取有关该软件包的详细和最新信息。
此外，我们之前在GitHub上包含解决常见安装、下载和处理问题的FAQ页面已停用，迁移至docs.ropensci.org/MODIStsp/articles/faq.html。

问题和事项

请在我们的 GitHub 问题页面上报告任何问题。

系统要求

{MODIStsp} 需要 R 版本 >= 3.6.3。

安装说明

在 Windows 上安装

您可以从 CRAN 安装 {MODIStsp} 的稳定版本：

install.packages("MODIStsp")

或者从 GitHub 安装开发版本（包含最新改进和错误修复）：

install.packages("remotes")
library(remotes)
install_github("ropensci/MODIStsp")

在 Linux 系统上安装

要在 Linux 上安装 {MODIStsp}，您需要能够安装 {sf} 包，它需要几个依赖项。如果安装 {sf} 时遇到问题，请参阅这里。

然后，您可以从 CRAN 安装 MODIStsp 的稳定版本：

install.packages("MODIStsp")

或者从 GitHub 安装开发版本（包含最新改进和错误修复）：

library(devtools)
install_github("ropensci/MODIStsp")

在 Mac 上安装

要在 Mac 上安装 {MODIStsp}，您需要能够安装 {sf} 包，它需要几个依赖项。如果安装 {sf} 时遇到问题，请参阅这里。

然后，您可以从 CRAN 安装 {MODIStsp} 的稳定版本：

install.packages("MODIStsp")

或者从 GitHub 安装开发版本（包含最新改进和错误修复）：

library(devtools)
install_github("ropensci/MODIStsp")

使用方法

使用 {MODIStsp} 的最简单方法是使用其强大的 GUI（图形用户界面）来选择处理选项，然后运行处理。

要打开 GUI，加载包并启动 MODIStsp 函数，不带任何参数：

library(MODIStsp)
MODIStsp()

这将打开一个 Shiny GUI，可以在其中指定处理选项（最终可以保存或加载）。指定所有必需参数后，点击"开始"将开始处理（有关更详细的说明，请参见这里）。

{MODIStsp} 也可以通过在 R 会话或脚本中将可选的 GUI 参数设置为 FALSE，并将 opts_file 参数设置为先前保存的 JSON 选项文件的路径，以非交互模式启动。这允许在通用的 "R" 处理脚本中利用 {MODIStsp} 功能。

library(MODIStsp) 
# --> 指定先前从 MODIStsp GUI 保存的有效选项文件的路径
opts_file <- "X:/yourpath/youroptions.json" 
  
# --> 启动处理
MODIStsp(gui = FALSE, opts_file = opts_file)

最后，{MODIStsp} 可以通过手动指定所有处理参数来运行，或者通过在调用包时覆盖保存的 json 文件中包含的一些参数来运行，例如：

library(MODIStsp) 
# --> 指定先前从 MODIStsp GUI 保存的有效选项文件的路径
opts_file <- "X:/yourpath/youroptions.json" 
  
# --> 启动处理
MODIStsp(gui        = FALSE, 
         opts_file  = opts_file, 
         start_date = "2020.05.01", 
         end_date   = "2020.08.01", 
         spatmeth   = "file", 
         spafile    = "X:/path_to/spatial_extent_file.gpkg")

在这里，我们用新值覆盖了选项文件中与空间和时间范围相关的选项。这允许轻松地基于相同的主要选项（例如，产品图层、输出格式等）运行处理，但可以即时更改所需的选项。

有关更详细的说明和示例，请参见这里。

行为准则

请注意，此包发布时附带贡献者行为准则。通过参与此项目，您同意遵守其条款。