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ColabFold

基于Google Colab的蛋白质结构预测工具

ColabFold是一个基于Google Colab的开源项目,整合了AlphaFold2和RoseTTAFold等先进工具,为蛋白质结构预测提供便捷解决方案。该项目支持单体和复合物预测,采用MMseqs2进行快速序列搜索,并可选用模板。ColabFold具有用户友好的界面,持续更新以提供最新的预测技术,是研究人员进行蛋白质结构分析的有力工具。

plinder - 综合蛋白质-配体相互作用数据集与评估平台
GithubPLINDER分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质-配体相互作用
PLINDER是一个面向蛋白质-配体对接算法的综合数据集和评估资源。该数据集包含40多万个蛋白质-配体相互作用系统,涵盖11,000多个SCOP结构域和50,000多种小分子。每个系统配有500多项详细注释,涉及蛋白质和配体特性、结构质量等多个方面。此外,PLINDER提供14种相互作用评估指标、200多亿个相似性得分,以及与结合态(holo)系统对应的未结合态(apo)和AlphaFold2预测结构。该平台还包含训练-验证-测试数据集划分功能和标准化评估工具,有助于简化模型性能比较流程。
SaProt_650M_PDB - 提供两种加载方式以支持深度学习蛋白质模型的灵活使用
AI绘图GithubHuggingfaceSaProtesm开源项目模型深度学习
该项目通过Huggingface和ESM GitHub两种方式提供深度学习蛋白质模型加载和使用的便捷途径,用户可以依照需求进行选择。这些方法配合详细的代码实例,有助于用户高效完成蛋白质序列的分析和应用。
comfyui-colab - 集成多种AI模型的图像生成工作流平台
AI绘图ColabComfyUIGithubStable Diffusion开源项目模型
ComfyUI-Colab是一个在Google Colab上运行的AI图像生成工作流平台。它集成了Stable Diffusion、Waifu Diffusion等多种预训练模型,支持ControlNet等扩展插件,能生成各种风格的图像。该项目提供稳定版和每日更新的Nightly版本,为AI图像创作提供了灵活高效的环境。
prot_bert - BERT蛋白质序列模型助力破解生命密码
GithubHuggingfaceProtBert开源项目掩码语言建模模型氨基酸序列生物信息学蛋白质语言模型
ProtBert是一种基于BERT架构的蛋白质序列预训练语言模型,在2.17亿个蛋白质序列上进行自监督学习。该模型能捕获序列中的关键生物物理特性,可用于蛋白质特征提取或下游任务微调。在二级结构预测和亚细胞定位等任务中表现优异,为解析蛋白质功能提供新工具。ProtBert展现了人工智能在生命科学领域的应用潜力。
MineColab - Google Colab上运行Minecraft服务器的开源项目
GithubGoogle ColabJavaMinecraft开源项目服务器虚拟机
MineColab是一个开源项目,实现了在Google Colab上部署Minecraft服务器。项目提供了使用ngrok、Cloudflare argo或playit.gg进行隧道连接的设置指南。MineColab利用Colab的计算资源,为Minecraft爱好者提供了一种临时或教育用途的服务器托管方案。项目强调合理使用Colab资源,并不建议用于长期或商业目的。
RNA-FM - 高精度RNA结构和功能预测的解释性基础模型
GithubRNA-FMRNA功能预测RNA结构预测RNA语言模型开源项目预训练模型
RNA-FM是一个基于未注释数据训练的RNA基础模型,在RNA结构预测和功能相关任务中表现出色。项目提供预训练模型和代码,支持RNA嵌入生成和二级结构预测。最新更新包含RNA家族聚类和类型分类教程,以及针对mRNA编码序列的mRNA-FM模型。RNA-FM为RNA研究提供了有力工具,有助于提高RNA结构和功能预测的准确性。
MAPE-PPI - 基于微环境感知的蛋白质相互作用预测新方法
GithubMAPE-PPI开源项目微环境感知深度学习蛋白质嵌入蛋白质相互作用预测
MAPE-PPI项目开发了一种基于微环境感知蛋白质嵌入的方法,用于预测蛋白质-蛋白质相互作用。该方法在多个数据集上进行了测试,显示出良好的性能。项目提供预训练模型和使用指南,涵盖环境设置、数据处理和模型训练等内容,便于研究人员复现和拓展。这一新方法为蛋白质相互作用预测研究提供了创新思路。
prot_t5_xl_uniref50 - 基于T5架构的大规模蛋白质序列预训练模型
GithubHuggingfaceProtT5-XL-UniRef50UniRef50开源项目模型特征提取生物信息学蛋白质语言模型
ProtT5-XL-UniRef50是基于T5-3B架构的蛋白质序列预训练模型,在UniRef50数据集的4500万个序列上进行自监督学习。该模型采用改进的掩码语言建模目标,能够捕捉蛋白质序列中的关键生物物理特性。ProtT5-XL-UniRef50可用于蛋白质特征提取和下游任务微调,在二级结构预测等任务中表现优异,为蛋白质序列研究提供了有力工具。
shared_colab_notebooks - 提供共享和存储Google Colab笔记本的项目,涵盖多种领域包括NLP、计算机视觉和GANs
GANGithubGoogle ColaboratoryNLP开源项目教程机器视觉
该项目旨在分享和存储各种Google Colab笔记本,包含了丰富的自然语言处理、计算机视觉和GANs领域的示例和教程。笔记本资源由作者创建或修改,适用于开发者和研究人员。用户可以找到Transformers细调、OCR自定义、3D照片修复和流媒体应用创建等实际案例,快速获取并分享高质量的Colab笔记本资源,加速科研与开发进程。
stable-diffusion-webui-colab - 在Google Colab上完整集成稳定扩散系统
AI绘图ColabControlNetGithubStable DiffusionWebUI开源项目
stable-diffusion-webui-colab 在Google Colab上提供一个完备的深度学习环境,支持生成图像等多种AI应用。本项目拥有丰富的自定义功能和扩展,支持多语言操作,适合各类用户在云端便捷地管理和应用稳定扩散模型。
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