foldseek

高效精准的大规模蛋白质结构比对工具

Foldseek 蛋白质结构比对结构搜索结构聚类蛋白质复合物 Github 开源项目

Foldseek是一款用于大规模蛋白质结构集比对的开源工具。它能快速、敏感地比较海量蛋白质结构,支持对AlphaFoldDB和PDB等数据库进行搜索。Foldseek提供命令行界面和网页服务器,可进行结构搜索、聚类和多聚体比对。采用创新的3Di+AA结构对齐算法,在保证准确性的同时显著提升速度。Foldseek为结构生物学研究提供高效可靠的计算支持,助力蛋白质结构分析。

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介绍相关项目

fccf - 高效搜索和展示 C/C++ 源代码的命令行工具

ASTC/C++Githubfccflibclang代码搜索开源项目

fccf 是一个命令行工具，用于高效搜索和展示 C/C++ 源代码。它通过构建抽象语法树，快速定位匹配的函数、类、枚举和变量。支持多线程搜索和彩色输出，能处理模板和 lambda 函数等复杂结构。fccf 提供多种搜索选项，包括精确匹配和表达式搜索，有助于开发者更便捷地浏览大型代码库。

ast-grep - 基于AST的代码结构搜索和重构工具

Githubast-grep代码搜索代码重写开源项目抽象语法树静态分析

ast-grep是一个基于抽象语法树的代码搜索和重构工具。它支持多种编程语言，提供类似jQuery的API进行AST遍历和操作。通过直观的模式匹配语法，ast-grep可用于大规模代码分析和修改。该工具具有高性能、跨平台特性，适用于代码重构、静态分析和自定义lint规则开发等场景。

biocypher - 生命科学知识图谱构建和管理工具

BioCypherGithub开源软件开源项目数据集成生物信息学知识图谱

BioCypher是一款专为生命科学领域设计的知识图谱工具，旨在简化创建和维护过程。它提供了灵活的数据存储、集成和推理功能，支持复杂数据的探索和分析。BioCypher可应用于人工智能研究，并具有用户友好的界面。该工具提供全面的文档和教程，帮助研究人员轻松构建和管理知识图谱。作为开源项目，BioCypher不断发展，为生物医学研究提供有力支持。

DeepSeek-VL - 高性能开源视觉语言模型多模态理解与复杂场景应用

DeepSeek-VLGithub人工智能多模态理解开源开源项目视觉语言模型

DeepSeek-VL是一个开源视觉语言模型，为实际应用场景而设计。它能处理逻辑图表、网页、公式、科学文献、自然图像等，并在复杂场景中展现智能。模型提供1.3B和7B两种参数规模，支持基础和对话应用，可用于学术研究和商业用途。DeepSeek-VL采用MIT许可证，为研究人员和开发者提供了强大的视觉语言处理工具。

evo - 实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具

DNA建模EvoGithub基因组尺度序列设计开源项目生物基础模型

Evo是一个开源的生物基础模型，专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构，Evo实现了单核苷酸级别的序列建模，具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数，在OpenGenome数据集上训练，包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型，适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo，为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。

deepvariant - 基于深度学习的高精度变异检测工具

DeepTrioDeepVariantGithub变异检测基因组学开源项目深度学习

DeepVariant是一种基于深度学习的变异检测工具，主要用于二倍体生物的生殖系变异检测。该工具通过生成堆积图像张量，并利用卷积神经网络进行分类，最终输出VCF或gVCF文件。DeepVariant支持包括Illumina、PacBio HiFi和Oxford Nanopore在内的多种测序技术。它操作简便、经济高效，适用于Docker、本地硬件及云端环境。DeepTrio是其扩展工具，支持三人组变异检测。项目具有高准确率、灵活性，能处理多种测序方式及非人类物种的数据。

awesome-vector-search - 向量搜索技术资源大全,引擎、框架、库与研究

Apache CassandraFaissGithub向量搜索引擎向量数据库开源项目近似最近邻搜索

本项目汇集了向量搜索领域的综合技术资源，包括框架、引擎、库、云服务和研究论文。内容涵盖Qdrant、Milvus等独立服务，Faiss、ScaNN等库，以及Pinecone、Zilliz Cloud等云服务。此外，收录的研究论文为算法优化提供了理论支持。开发者可借此构建高效搜索应用，研究人员则能深入了解最新算法进展。

rag-search - 智能数据检索和排名优化工具

API 请求FastAPIGithubRAG Search APIthinkany.ai开源项目机器学习模型

RAG Search API是由thinkany.ai开发，旨在优化搜索结果的效率与准确性。这一API实现了多样化的搜索功能，包括信息重排、筛选详细数据等，并能通过FastAPI快速部署。其简便的安装过程使得开发者能够轻松集成此技术，从而提升数据处理的效能。

MindSearch - 开源AI搜索引擎框架，支持深度知识探索

AI搜索引擎GithubMindSearch人类偏好开源框架开源项目知识发现

MindSearch是一个开源的AI搜索引擎框架，支持Perplexity.ai Pro性能。用户可以使用GPT、Claude等闭源LLM或InternLM2.5-7b-chat等开源LLM，轻松部署类似Perplexity.ai风格的搜索引擎。MindSearch能够解决各种问题，通过浏览数百个网页提供深入的知识，并优化用户界面体验。它通过动态图构建过程，将用户查询分解为多个子问题，逐步扩展搜索图，显著提高响应的深度、广度和准确性。

autofaiss - 自动构建高效Faiss近邻搜索索引

AutoFaissFaissGithubKNN索引嵌入向量开源项目相似度搜索

AutoFaiss是一个开源工具，用于自动创建高效的Faiss近邻搜索索引。该工具根据内存和查询速度限制，自动选择最佳索引参数，以获得最高召回率。AutoFaiss能处理大规模数据集，在有限内存下构建高效索引，实现毫秒级查询。它提供Python API和命令行接口，支持内存和磁盘上的嵌入向量，并可与PySpark集成进行分布式索引构建。

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豆包 MarsCode 是一款革命性的编程助手，通过AI技术提供代码补全、单测生成、代码解释和智能问答等功能，支持100+编程语言，与主流编辑器无缝集成，显著提升开发效率和代码质量。

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