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foldseek

高效精准的大规模蛋白质结构比对工具

Foldseek是一款用于大规模蛋白质结构集比对的开源工具。它能快速、敏感地比较海量蛋白质结构,支持对AlphaFoldDB和PDB等数据库进行搜索。Foldseek提供命令行界面和网页服务器,可进行结构搜索、聚类和多聚体比对。采用创新的3Di+AA结构对齐算法,在保证准确性的同时显著提升速度。Foldseek为结构生物学研究提供高效可靠的计算支持,助力蛋白质结构分析。

deepmd-kit - 深度学习驱动的原子势能建模与分子动力学模拟工具
DeePMD-kitGithub分子动力学势能模型开源项目深度学习高性能计算
DeePMD-kit是一个用Python和C++编写的软件包,专注于简化深度学习原子势能模型和力场的创建和分子动力学模拟。它与TensorFlow及多个高性能MD和量子MD软件包接口,确保高效的训练和计算。模块化设计使其支持多种描述符和高性能并行计算,适用于有机分子、金属、半导体等系统。
BigSearch - 多引擎搜索工具 灵活切换多种搜索引擎
GithubJSON配置多引擎搜索开源项目搜索引擎浏览器扩展自定义搜索
Big Search是一款多功能搜索引擎工具,内置60多个搜索引擎并支持自定义。支持单行和多行文本搜索、键盘快捷操作、跨引擎搜索等功能,适用于桌面和移动端。提供JSON和GUI两种搜索引擎编辑方式,实现灵活搜索。注重用户隐私,完全在客户端运行,无需第三方服务器。
cloudgrep - 跨云平台的高效日志搜索工具
AWS S3Azure StorageGithubcloudgrep云存储搜索开源项目日志文件
CloudGrep是一款开源的云存储日志搜索工具,支持AWS S3、Azure Storage和Google Cloud Storage。它能够直接搜索包括gzip和zip在内的压缩日志文件,通过并行处理提高效率。CloudGrep无需预先摄取或索引日志,适用于快速调试和安全分析。该工具提供灵活的搜索功能,包括正则表达式和自定义日志格式支持,为用户提供高效且经济的日志分析方案。
raft - 可复用CUDA函数库加速向量搜索与机器学习
CUDAGPU加速GithubRAFT向量搜索开源项目机器学习
RAFT是一个CUDA加速的C++头文件库,为机器学习和信息检索提供基础算法和原语。它实现了先进的向量相似度搜索方法,包括暴力搜索、IVF-Flat、IVF-PQ和CAGRA。RAFT还提供可重用原语,用于构建涵盖数据生成、模型评估、分类回归、聚类等领域的机器学习算法。通过跨项目复用和集中核心计算,RAFT加速了算法开发,并使未来优化能广泛应用于各种算法。
matchms - 开源Python包用于处理和比较质谱数据
GithubPython库matchms开源项目数据处理谱图相似度质谱分析
matchms是一个多功能的开源Python包,用于处理质谱(MS/MS)数据。它支持导入多种常见格式的质谱数据,提供数据清洗和验证工具,以及基本的峰过滤功能。matchms的核心特性是能够使用各种相似性度量方法比较大量光谱,包括余弦相关得分和基于分子指纹的比较。它具有良好的可扩展性,允许集成自定义相似性度量方法,是一个全面的质谱数据分析工具。
PyEMMA - 开源分子动力学模拟分析软件包
GithubPyEMMA分子动力学模拟开源软件开源项目数据分析马尔可夫模型
PyEMMA是一个开源的Python/C软件包,用于分析大规模分子动力学模拟数据。它提供聚类、特征化、马尔可夫状态模型等算法,支持分子动力学数据的估计、验证和分析。该工具可通过Jupyter notebook或Python脚本使用,适合分子动力学研究人员进行数据分析和建模。PyEMMA具备高性能和易用性,在分子模拟领域广受欢迎。
CodeFuse-Query - 重塑静态代码分析 提升大规模软件开发效率
COREFCodeFuse-QueryGithubGödel开源项目数据中心化静态代码分析
CodeFuse-Query是一款先进的静态代码分析系统,通过创新的数据处理方法重新定义了代码分析流程。系统每日可分析超过100亿行代码,支持300多种分析任务,覆盖11种主流编程语言。其核心优势在于采用COREF数据模型和Gödel查询语言,实现了资源优化和数据高效重用。CodeFuse-Query特别关注代码变更分析,为大规模软件开发项目提供了全面的静态分析支持。
similarities - 文本和图像相似度计算与语义搜索的高效工具
CLIPGithubsimilarities图像相似度开源项目文本相似度语义搜索
该工具包提供多种文本和图像相似度计算及语义匹配算法,支持高效处理亿级数据。主要功能包含文本相似度计算、文本搜索、图文匹配、图像搜索等多种算法。项目采用Python3开发,支持命令行操作,基于PyTorch和FastAPI等技术,可实现多语言环境下的高效向量表示及检索,开箱即用。
fastfetch - 快速灵活的跨平台系统信息工具
FastfetchGithub命令行工具定制化开源项目性能系统信息
Fastfetch是一款用C语言编写的高效系统信息工具,支持Linux、Android、FreeBSD、macOS、SunOS和Windows等多个平台。它提供丰富的模块和配置选项,允许自定义输出内容和格式。相比类似工具,Fastfetch具有更快的速度和更高的信息准确度,适合系统管理员和技术爱好者使用。
cellpose - 多功能细胞分割和图像修复工具
CellposeGithub图像处理开源项目机器学习生物医学图像细胞分割
Cellpose是一款开源的细胞分割和图像处理工具,适用于各类生物图像分析。它支持细胞和细胞核的通用分割,可针对特定数据进行优化。Cellpose提供图形界面、API和命令行接口,支持人机交互训练。最新版本还增加了图像去噪、去模糊和上采样等修复功能,进一步提升分割效果。该工具具有高度灵活性和准确性,能满足研究人员的多样化需求。
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