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综合单细胞数据分析工具和方法清单

该资源列表汇集了单细胞数据分析的软件包和方法,包括RNA-seq、ATAC-seq等数据类型。涵盖质量控制、基因网络识别、细胞聚类、降维和轨迹推断等分析步骤。同时提供教程、工作流程、网络门户和相关文献链接。列表持续更新,为单细胞研究提供全面参考。

scrnaseq - 单细胞RNA测序数据分析流程 支持多种工具的开源项目
GithubNextflownf-corescRNAseq单细胞测序开源项目生物信息学
nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。
awesome-R - 全面收录的R语言包和工具大全
GithubR语言开发工具开源项目数据分析数据可视化统计编程
该项目汇集了R语言生态系统中的优质包和工具,涵盖集成开发环境、数据操作、图形显示和机器学习等多个领域。列表持续更新至2023年,并标注了热门和高下载量的资源。这份全面的指南旨在帮助R语言开发者和数据科学家提高数据分析和可视化效率。
awesome - 综合技术资源库汇集优质开源项目与工具
AwesomeGitHubGithub开发者资源开源开源项目编程语言
Awesome项目是一个涵盖广泛的技术资源库,汇集了从JavaScript、Python到机器学习、区块链等热门领域的优质开源项目。这个由社区维护的平台为开发者提供了便捷的途径,助力他们快速找到高质量的开发工具、框架和学习资料。通过定期更新,确保技术爱好者能够获取最新、最实用的资源信息。
awesome-public-datasets - 多领域高质量公共数据集资源汇总
Github基因组学开源数据集开源项目微阵列数据生物学蛋白质数据库
Awesome Public Datasets汇集了农业、生物学、计算机科学等多个领域的高质量公共数据集。该项目源于上海交通大学OMNILab,现隶属于BaiYuLan开放AI社区。它为研究人员和数据科学家提供了便捷获取开放数据资源的途径,支持各类分析和研究工作。资源列表涵盖广泛,质量可靠,是数据科学工作的重要参考。
awesome-datascience - 一个综合的数据科学学习和应用平台
Data ScienceGithubPythonR语言开源项目数据分析机器学习
此开源项目提供了一个综合的数据科学学习和应用平台,适合初学者和专业人士。包括算法、课程、教程及工具等内容,旨在帮助用户通过数据科学技术解决现实问题。
awesome-network-analysis - 全面的网络分析与可视化资源列表
Github图论复杂网络开源项目数据可视化社交网络网络分析
该项目整理了丰富的网络分析资源,包括构建、分析和可视化网络数据的工具与材料。涵盖书籍、会议、课程、数据集、期刊、研究组织、综述文章和软件等多方面内容,涉及社交网络、生物网络、复杂网络等领域。列表还收录经典论文、教程和网络科学相关资料,为研究人员和爱好者提供全面的学习参考。
awesome-repos - GitHub优质开源项目资源汇总
GitHubGithub开发工具开源资源开源项目技术资料编程学习
Awesome-repos收录了众多高质量GitHub开源项目,涵盖API、人工智能、编程语言、前后端开发、云计算等技术领域。该资源库为开发者提供免费学习材料、实用工具和框架,有助于发现优质项目、提升编程能力,全面了解软件开发各个方面。
awesome-python-data-science - Python数据科学资源集合,详解机器学习与深度学习工具
GithubPython工具库开源项目数据科学机器学习深度学习
该项目收集了全面的Python数据科学资源,包括机器学习、深度学习、自动化机器学习、自然语言处理、计算机视觉、时间序列分析和强化学习等领域的开源库。从通用型机器学习算法到深度学习框架(如PyTorch和TensorFlow),再到特征工程和数据可视化,用户可以找到适用于各种数据分析和建模需求的工具。项目旨在帮助数据科学家和工程师高效选择工具,以提高开发和分析效率。
awesome-jupyter - Jupyter生态系统的全面资源列表
GithubJupyter交互式笔记本开源项目数据可视化科学计算
这是一份全面的Jupyter生态系统资源列表,包括运行时环境、协作工具、可视化库、表格处理、渲染发布、版本控制等多个方面。列表还涵盖JupyterLab扩展、测试工具、特定领域项目和托管解决方案。该列表为数据科学家和开发者提供了充分利用Jupyter生态系统的参考资源。
awesome-materials-informatics - 材料信息学全面资源集锦 助力数据驱动材料研究
Github开源软件开源项目数据科学机器学习材料信息学计算材料学
本资源列表汇集了材料信息学领域的软件工具、云平台、数据集和标准化倡议。内容涵盖开源与商业解决方案,聚焦材料模拟、数据挖掘和机器学习等关键技术。研究人员可借此快速了解行业动态,为数据驱动的材料科学研究提供参考。
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