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大规模蛋白质-配体复合物数据集助力AI驱动的药物发现

MISATO是一个专为结构化药物发现设计的机器学习数据集,包含高质量的蛋白质-配体复合物数据。数据集涵盖了19000多个配体的量子力学计算结果和16000多个蛋白质-配体结构的分子动力学模拟。MISATO旨在提高配体分子精确度、合理表示系统动力学,并促进创新AI药物发现模型的开发。研究人员可免费下载MISATO数据集,使用提供的PyTorch数据加载器进行AI训练和预测。

medical-datasets - 医学影像数据集汇总 从MRI到X射线的全面资源
CTGithubMRIX光分割标注医学影像数据集开源项目
medical-datasets是一个综合性医学影像数据集资源库,收录了MRI、CT和X射线等多种模态的影像数据。涵盖从大脑到胸部的多个人体部位,不仅包含原始图像,还提供分割标注和临床诊断等信息。该项目为医学影像分析、人工智能和机器学习领域的研究与应用提供了丰富的数据支持。
openfoodfacts-ai - 开源食品数据库的人工智能实验平台
AIGithubOpen Food Facts开源项目数据分析机器学习食品数据库
openfoodfacts-ai是一个致力于食品数据人工智能研究的开源项目。该平台集成了多个实验性AI项目,包括营养表格识别、食品分类预测和标签检测等。其主要目标是优化Open Food Facts数据库,为研究人员和开发者提供高质量的食品数据和AI模型。项目重视社区贡献,定期组织线上会议,并提供完善的文档支持。
dolma - 3万亿令牌的多样化开放数据集与高性能管理工具
AI2Dolma DatasetDolma ToolkitGithub开源项目数据集管理语言模型
Dolma项目提供一个包含3万亿令牌的多样化开放数据集,涵盖网络内容、学术出版物、代码、书籍和百科材料。Dolma Toolkit是一款高性能工具包,能够高效整理大型数据集,支持并行处理、便捷移植、内置标签器、快速去重、扩展性和云支持。该项目由Allen Institute for AI开发,数据集可在HuggingFace平台下载。
esm - ESM3生成模型实现蛋白质序列结构功能联合推理
ESM3Github人工智能开源项目生成式模型生物学蛋白质模型
ESM3是一个创新的生物学生成模型,能够同时处理蛋白质的序列、结构和功能。通过离散令牌表示这三种数据模态,ESM3可根据部分输入预测完整的蛋白质信息。作为一个生成式掩码语言模型,它采用迭代采样方法。ESM3架构具有高度可扩展性,其最大版本拥有980亿参数,曾对2.78亿个蛋白质进行训练。
guacamol_baselines - 化学生成任务评估基准模型集合
GithubGuacaMolSMILES基准模型开源项目机器学习生成化学
GuacaMol Baselines项目为化学生成任务评估提供多种基准模型实现。包含随机采样、ChEMBL最佳选择、SMILES和图遗传算法、图蒙特卡洛树搜索以及SMILES LSTM变体等方法。项目配备预训练模型、数据集脚本和Docker容器,便于研究人员部署和比较各类生成模型。
Cradle - 机器学习助力蛋白质序列设计与优化
AI工具Cradle序列优化机器学习生物技术蛋白质工程
Cradle是一个专业的蛋白质工程平台,通过机器学习技术帮助生物技术团队设计和优化蛋白质序列。平台支持一键生成针对特定目标的蛋白质变体,可同时优化稳定性、活性等多种性质,提高蛋白质工程效率。Cradle采用私有化部署,保障数据安全和知识产权。目前已被多家领先生物技术公司采用,有效缩短蛋白质开发周期,加快新产品上市进程。
ColabFold - 基于Google Colab的蛋白质结构预测工具
AlphaFoldColabFoldGithub开源项目生物信息学结构预测蛋白质折叠
ColabFold是一个基于Google Colab的开源项目,整合了AlphaFold2和RoseTTAFold等先进工具,为蛋白质结构预测提供便捷解决方案。该项目支持单体和复合物预测,采用MMseqs2进行快速序列搜索,并可选用模板。ColabFold具有用户友好的界面,持续更新以提供最新的预测技术,是研究人员进行蛋白质结构分析的有力工具。
prot_t5_xl_uniref50 - 基于T5架构的大规模蛋白质序列预训练模型
GithubHuggingfaceProtT5-XL-UniRef50UniRef50开源项目模型特征提取生物信息学蛋白质语言模型
ProtT5-XL-UniRef50是基于T5-3B架构的蛋白质序列预训练模型,在UniRef50数据集的4500万个序列上进行自监督学习。该模型采用改进的掩码语言建模目标,能够捕捉蛋白质序列中的关键生物物理特性。ProtT5-XL-UniRef50可用于蛋白质特征提取和下游任务微调,在二级结构预测等任务中表现优异,为蛋白质序列研究提供了有力工具。
alphaflow - 蛋白质构象集生成的流匹配模型
AlphaFlowAlphaFoldGithub分子动力学开源项目生成建模蛋白质构象集
AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本,通过流匹配目标微调,专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合,提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性,为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。
Scientific-LLM-Survey - 生物化学领域科学大语言模型研究综述
Github化学医学大语言模型开源项目生物学科学
Scientific-LLM-Survey项目系统梳理生物化学领域科学大语言模型研究进展。涵盖文本、分子、蛋白质和基因组语言模型,以及多模态模型的最新发展。项目收录关键论文,提供数据集和基准测试资源,为该领域研究提供全面参考。
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