deepcell-tf

用于单细胞生物图像分析的深度学习库

deepcell-tf 单细胞分析细胞分割时间序列数据深度学习 Github 开源项目

DeepCell-tf是一个用于生物图像单细胞分析的深度学习库，基于Python和TensorFlow 2构建，提供预训练模型用于图像数据分析，并支持开发新的深度学习模型。其特色包括细胞分割和追踪模型的应用，处理2D、3D图像和时间序列数据。此外，还能结合DeepCell Toolbox、DeepCell Tracking和DeepCell Kiosk等工具进行预处理、追踪和大数据集云端部署。该库支持GPU加速，提供详细文档和示例，方便快速上手和模型训练。

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介绍相关项目

cellpose - 多功能细胞分割和图像修复工具

CellposeGithub图像处理开源项目机器学习生物医学图像细胞分割

Cellpose是一款开源的细胞分割和图像处理工具,适用于各类生物图像分析。它支持细胞和细胞核的通用分割,可针对特定数据进行优化。Cellpose提供图形界面、API和命令行接口,支持人机交互训练。最新版本还增加了图像去噪、去模糊和上采样等修复功能,进一步提升分割效果。该工具具有高度灵活性和准确性,能满足研究人员的多样化需求。

DeepLIIF - 深度学习框架实现免疫组织化学图像的多重荧光转换与定量分析

DeepLIIFGithub免疫组化多重免疫荧光开源项目深度学习细胞分割

DeepLIIF是一个开源深度学习框架，用于免疫组织化学(IHC)图像的多重荧光转换和定量分析。它在单步骤中实现染色分离、细胞分割和IHC评分。通过利用IHC和多重免疫荧光配准数据集，DeepLIIF可将IHC图像转换为多重免疫荧光图像，同时提供细胞分割和分类。该项目已部署为云原生平台，支持多种输入格式，并集成MLOps流程，为病理学研究和临床应用提供支持。

single-cell-transformer-papers - Transformer模型在单细胞组学分析中的应用概览

GithubTransformers单细胞组学基因表达开源项目细胞注释预训练模型

本项目汇总了单细胞组学数据分析中的Transformer模型,包括论文、代码、数据模态等关键信息。通过全面概述单细胞Transformer模型,展示了该领域的最新进展和发展趋势。项目内容持续更新,为研究人员提供了宝贵的参考资源。项目内容涵盖了各Transformer模型的核心要素,如数据模态、预训练数据集、模型架构和任务类型等。这种系统性的整理使研究人员能够快速了解和比较不同模型的特点,为单细胞组学研究提供了有力支持。

tflearn - 深度学习库，简化TensorFlow高阶API的使用

GithubTFLearnTensorFlow开源项目深度学习神经网络高层API

TFLearn是一个模块化且透明的深度学习库，基于TensorFlow构建，提供高阶API以加速实验。特点包括易用的高阶API、快速原型设计、完全透明的TensorFlow集成、强大的训练辅助功能和精美的图形可视化。支持最新的深度学习模型，兼容TensorFlow v2.0及以上版本。

CellViT - 基于Vision Transformer的细胞核分割与分类模型

CellViTGithubPanNuke数据集Vision Transformer开源项目深度学习细胞分割

CellViT是一种基于Vision Transformer的深度学习方法,用于数字化组织样本中的细胞核自动实例分割。该项目结合了预训练的Vision Transformer编码器和U-Net架构,在PanNuke数据集上取得了领先性能。通过引入加权采样策略,CellViT提高了对复杂细胞实例的识别能力。它能够快速处理千兆像素级全切片图像,并可与QuPath等软件集成,为后续分析提供定位化的深度特征。

scGPT - AI单细胞多组学基础模型

GithubscGPT单细胞多组学在线应用基因表达调控网络开源项目预训练模型

scGPT是一个基于AI的单细胞多组学研究基础模型，提供丰富的预训练模型和在线应用程序。该平台支持基因调控网络分析、细胞类型注释及多组学集成，适用于处理大规模细胞数据集，如全人类及特定器官细胞。此外，其零样本学习和快速参考映射功能，加上不断更新的训练模型，保障了其在多种研究任务中的应用前沿性和广泛适用性。

tensorflow-deep-learning - TensorFlow深度学习教程

GithubTensorFlow开源项目深度学习神经网络训练课程

本项目通过展示如何使用TensorFlow和Keras解决多种问题，教授深度学习的基本技能及其应用。课程内容包括关键视频教程、实践练习和项目实战，确保学习者能通过动手操作全面理解深度学习。适合任何级别的学者，帮助你提升个人和职业技能。

awesome-single-cell - 综合单细胞数据分析工具和方法清单

Github单细胞RNA测序基因表达分析开源项目生物信息学细胞群体分析软件包

该资源列表汇集了单细胞数据分析的软件包和方法，包括RNA-seq、ATAC-seq等数据类型。涵盖质量控制、基因网络识别、细胞聚类、降维和轨迹推断等分析步骤。同时提供教程、工作流程、网络门户和相关文献链接。列表持续更新，为单细胞研究提供全面参考。

TF-ID - 开源AI模型助力学术论文表格和图像高效提取

GithubTF-ID图像识别学术论文对象检测开源项目表格识别

TF-ID是一系列用于从学术论文中提取表格和图像的目标检测模型。项目开源了训练代码、模型权重和标注数据集。TF-ID包含四个版本，分为基础和大型模型，可提取有无标题文本的表格和图像。模型基于Florence-2微调，测试准确率达98.06%。项目提供使用示例和完整训练指南，方便研究者复现和应用。

deeplearning-tensorflow2-notebooks - 深度学习实践资源库，基于TensorFlow 2和Keras

GithubKerasTensorFlowreceptive field可视化开源项目深度学习

deeplearning-tensorflow2-notebooks是一个开源的深度学习资源库，基于TensorFlow 2和Keras构建。项目包含多个Jupyter笔记本，涵盖深度学习的基础和高级主题。特色内容包括感受野的计算和可视化，有助于理解深度学习模型的内部机制。这个资源库适合各层次的学习者，提供了实践性的学习材料。项目同时提供波斯语支持，增加了其国际化特性。

相关项目

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