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enformer-pytorch

基于深度学习的基因表达预测工具

EnformerDeepmindPytorch基因表达预测HuggingfaceGithub开源项目

此项目实现了Deepmind的Enformer模型在Pytorch框架下的应用，用于预测基因表达，并支持微调预训练模型以适应下游任务。用户可以通过简易安装和提供的代码示例快速使用该模型。此外，该项目还包含染色质可及性预测的微调方法，并支持从Huggingface下载预训练权重。在内存优化和详细的安装、使用说明方面进行了多项改进，帮助用户高效地进行基因组数据分析和预测。

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介绍相关项目
torchmd-net - 神经网络势能模型的高效训练与实现框架
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GENA_LM - 专为长DNA序列设计的开源基础模型家族
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GENA-LM是专为长DNA序列设计的开源基础模型家族。它采用BPE分词方法，支持最长36k bp的输入序列，并基于最新T2T人类基因组进行预训练。该项目提供多种预训练模型，包括BERT和BigBird架构，可用于启动子预测和剪接位点识别等多种下游任务。GENA-LM为基因组学研究提供了新的分析工具，促进了DNA序列分析技术的进步。
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EEG Conformer是一种结合卷积和自注意力机制的EEG分类与可视化工具。其卷积模块提取时间和空间上的局部特征，自注意力模块捕捉全局关联，最终通过全连接层进行分类预测。此外，EEG Conformer还具备将类激活映射到脑拓扑图的可视化功能。支持Python 3.10和Pytorch 1.12，在多个BCI竞赛数据集上表现出色。
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项目pytorch-sentiment-neuron基于Pytorch，实现了利用情感神经元进行情感分析和文本生成。用户可以通过预设模型文件和简单的命令行操作生成文本并进行情感分析，lm.py文件还允许在新数据上重新训练模型。该项目依赖Pytorch、Cuda和Python 3.5，适用于自然语言处理和情感分析领域的研究人员和开发者。
chrombpnet - 深度学习模型分析染色质可及性和调控序列
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ChromBPNet是一个用于分析染色质可及性数据的深度学习模型。它采用偏差因子化和全卷积神经网络,能在碱基分辨率上揭示调控序列特征、转录因子结合位点和调控变异。通过自动校正实验偏差,该模型可准确捕捉染色质轮廓的多尺度特征,为研究基因调控提供了新的计算工具。
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RNA-FM是一个基于未注释数据训练的RNA基础模型，在RNA结构预测和功能相关任务中表现出色。项目提供预训练模型和代码，支持RNA嵌入生成和二级结构预测。最新更新包含RNA家族聚类和类型分类教程，以及针对mRNA编码序列的mRNA-FM模型。RNA-FM为RNA研究提供了有力工具，有助于提高RNA结构和功能预测的准确性。
single-cell-transformer-papers - Transformer模型在单细胞组学分析中的应用概览
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本项目汇总了单细胞组学数据分析中的Transformer模型,包括论文、代码、数据模态等关键信息。通过全面概述单细胞Transformer模型,展示了该领域的最新进展和发展趋势。项目内容持续更新,为研究人员提供了宝贵的参考资源。项目内容涵盖了各Transformer模型的核心要素,如数据模态、预训练数据集、模型架构和任务类型等。这种系统性的整理使研究人员能够快速了解和比较不同模型的特点,为单细胞组学研究提供了有力支持。
egnn-pytorch - PyTorch实现的E(n)等变图神经网络
EGNNGithub分子预测图神经网络坐标更新开源项目特征更新
这个开源项目使用PyTorch实现了E(n)等变图神经网络(EGNN)。项目提供了EGNN的简洁接口,支持边特征和稀疏邻居等功能。EGNN在动力系统建模和分子活性预测等任务中表现领先。项目还包含详细示例和稳定性优化方法,适用于处理复杂的图结构数据。
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GenePT是一种创新的单细胞基础模型，利用ChatGPT嵌入技术解析基因和细胞级生物学问题。该模型基于NCBI基因描述和GPT-3.5生成基因嵌入，无需繁琐的数据整理和密集计算。在基因属性和细胞类型分类等多项任务中，GenePT展现出优异性能，常超越现有模型。这一方法为生物学基础模型开发提供了简便有效的途径，彰显了大型语言模型在文献嵌入方面的应用潜力。
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EfficientNetGithubMixNetMobileNetPyTorch开源项目模型
本项目实现了EfficientNet、MixNet、MobileNetV3等多种高效模型，利用通用架构定义支持多种计算高效的神经网络。所有模型均基于MobileNet V1/V2块序列设计，并支持字符串化架构配置。请注意，该项目现已停止维护，推荐使用`timm`库获取更多功能和权重兼容的模型。
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