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pyfaidx

Python模块实现FASTA文件快速索引和操作

pyfaidx是一个Python模块,实现了高效的FASTA文件索引和操作功能。该模块提供纯Python类,兼容samtools faidx,支持快速随机访问大型FASTA文件中的任意子序列,同时最小化内存使用。pyfaidx的API兼容pygr seqdb模块,并提供命令行工具进行复杂的FASTA文件处理。该模块支持Python 3.7+版本,可通过PyPI安装。

pyinfra - 基于Python的高效服务器自动化部署工具
GithubPythonpyinfra命令执行开源项目服务器管理自动化部署
pyinfra是一款基于Python的服务器自动化工具,能将Python代码转换为shell命令并执行。支持ad-hoc命令和声明式操作,适用于SSH服务器、本地机器和Docker容器。具有快速执行、高扩展性、实时调试、幂等操作和无代理执行等特性,可轻松管理从单个到数千台服务器。pyinfra为系统管理员和开发人员提供了一个灵活高效的自动化部署解决方案。
molfeat - 多功能分子特征提取框架
Githubmolfeat分子特征提取化学信息学开源软件开源项目机器学习
molfeat是一个开源的分子特征提取框架,集成多种预置分子特征提取器。它提供简洁高效的API,统一预训练分子嵌入和传统特征提取方法。框架支持通过插件扩展自定义特征提取器,并采用缓存机制优化性能。作为分子特征化的综合解决方案,molfeat适用于广泛的分子建模和分析应用场景。
functime - 高性能时间序列机器学习Python库
GithubPolarsPython库全局预测开源项目时间序列机器学习特征提取
functime是一个面向大规模时间序列数据分析的Python库,提供高效的全局预测和特征提取功能。它支持时间序列预处理、交叉验证和性能评估,通过惰性Polars变换实现优化。该库能快速处理海量时间序列,支持外生特征和自动化调优,并集成LLM代理用于预测分析,适用于各种机器学习和数据分析任务。
DMFF - 革新分子模拟和力场参数化的全可微分子力场
DMFFGithub分子力场参数优化开源项目机器学习自动微分
DMFF是一个基于Jax的Python包,实现全可微分子力场模型。它简化力场参数化,支持点电荷和多极化模型,适用于水、生物大分子和有机聚合物系统。DMFF集成自动微分技术和AI优化,支持GPU加速,为分子系统研究和力场开发提供高效工具。
BotFast - Python样板加速AI电报机器人开发与变现
AIAI工具PythonTelegram机器人boilerplate快速开发
BotFast是一款面向开发者的Python样板工具,用于简化AI电报机器人的构建和变现过程。这个即插即用的解决方案支持多种AI模型、多模态交互和支付集成。开发者可以利用预定义的AI代理创建定制化的机器人,满足不同社区需求。BotFast集成了MongoDB数据存储和DALL·E 3图像生成功能,为开发者提供了一个全面的开发环境。这个工具旨在帮助开发者节省时间,快速实现AI机器人创意。
Finance-Python - Python金融计算库 支持量化交易与分析
GithubPython开源项目指标库资产组合优化量化交易金融计算
Finance-Python是一个开源的金融计算库,使用纯Python实现。它为量化交易提供了多种工具,包括定价分析、技术指标和复合运算指标库。该项目支持与pandas集成,并具备金融日期计算、资产组合优化和产品定价模型等功能,适用于金融分析和量化交易研究。
foldingdiff - Protein生成和优化的扩散模型工具
CATH数据集GithubPyTorch Lightningfoldingdiff开源项目扩散模型蛋白质生成
使用扩散模型生成新的蛋白骨架结构。提供详细的安装、数据下载和模型训练指南,支持预训练模型的加载和采样。评估生成骨架的设计性能和结构一致性,适合具备Python和PyTorch基础的研发人员使用,通过浏览器便捷地生成蛋白质结构。
QDax - 高效加速质量多样性算法的开源框架
GithubJAXQDax并行化开源项目神经进化质量多样性
QDax是一个开源框架,用于加速质量多样性(QD)和神经进化算法。通过利用硬件加速器和大规模并行化,QDax将原本需要数天甚至数周才能在大型CPU集群上完成的QD算法运行时间缩短至几分钟。作为灵活易扩展的研究工具,QDax适用于各类问题设置,支持MAP-Elites、QDPG等多种核心QD算法,并提供多个基准任务实现。该项目由Adaptive & Intelligent Robotics Lab和InstaDeep联合开发维护。
alphafold3-pytorch - 基于PyTorch的蛋白质结构预测模型开源实现
AlphaFold 3GithubPytorch开源项目机器学习生物信息学蛋白质结构预测
这是AlphaFold 3的PyTorch开源实现项目。它包含完整的模型架构、训练和推理流程,以及详细的数据准备指南。项目支持原子级和分子级的输入处理,提供PDB数据集筛选和聚类脚本。丰富的文档和示例代码有助于用户理解和使用AlphaFold 3模型。该实现为蛋白质结构预测研究提供了有价值的开源工具。
fsearch - 基于GTK3的快速文件搜索工具 支持即时结果和高级语法
FSearchGTK3Github即时搜索开源软件开源项目文件搜索工具
FSearch是一款基于GTK3开发的快速文件搜索工具,灵感来自Everything Search Engine。它提供即时搜索结果、高级搜索语法、通配符和正则表达式支持。用户可自定义搜索范围、排除特定文件夹,并按多种条件快速排序。FSearch界面可定制,内存占用小,支持多种Linux发行版,适合需要高效文件搜索的用户。
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