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HistoSSLscaling

病理组织图像自监督学习新方法

自监督学习组织病理学掩码图像建模ViTPhikonGithub开源项目

HistoSSLscaling项目开发了基于掩码图像建模的自监督学习方法，用于病理组织图像分析。该项目的Phikon模型在4000万张全癌种病理切片上预训练，在多项下游任务中表现出色。项目提供了预训练模型、代码和数据集特征，为计算病理学研究提供支持。

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介绍相关项目
phikon - 基于ViT的组织病理学自监督学习模型
GithubHuggingfacePhikon医学图像处理开源项目模型深度学习肿瘤病理学自监督学习
Phikon是一个使用iBOT训练的组织病理学自监督学习模型。它是由Owkin开发的Vision Transformer Base模型，包含8580万个参数，支持224x224x3的图像输入。该模型在4000万个泛癌症图像块上进行了预训练，可用于从组织学图像中提取特征，并应用于多种癌症亚型的分类任务。通过微调，Phikon可以适应特定癌症亚型的研究需求。
UNI - 革新计算病理学的通用自监督模型
GithubUNI全幻灯片图像开源项目病理AI自监督学习计算病理学
UNI是一款为计算病理学开发的通用自监督模型。它利用超过10万张H&E染色全扫描图像进行预训练,在34项代表性任务中表现卓越。UNI具备分辨率无关的组织分类、少样本玻片分类和多种癌症类型分类等能力,为病理学AI模型开发开辟新途径。
prov-gigapath - 数字病理学全切片基础模型
GithubProv-GigaPath医学图像分析开源项目数字病理学深度学习预训练模型
Prov-GigaPath是一个基于真实世界数据开发的数字病理学全切片基础模型。它包含切片编码器和幻灯片编码器,支持切片级和幻灯片级任务。该模型已在Nature发表,并开源了预训练模型、代码和演示笔记本。研究人员可利用它探索数字病理学幻灯片数据的预训练和编码。该项目仅供研究使用,不适用于临床诊断。
H-optimus-0 - 自监督视觉Transformer在病理学与组织学中的应用
GithubH-optimus-0Huggingface医疗影像开源项目模型病理学自监督学习视觉transformer
H-optimus-0是一个开源的视觉Transformer模型，基于11亿参数，利用自监督学习在50万张H&E染色全幅切片病理图像上训练。该模型能从组织学图像中提取强大特征，支持突变预测、生存分析和组织分类等应用。模型期望输入图像尺寸为224x224，建议在CUDA设备上采用混合精度以加快推断。适用于医学图像处理，尤其在病理学与组织学研究中表现出色。
Virchow2 - 基于神经网络的病理切片图像分析与特征提取模型
GithubHuggingfacePyTorchVirchow2图像识别开源项目模型深度学习病理学
Virchow2是一个专门用于病理切片分析的深度学习模型，通过310万张医学图像训练而成。模型能够自动分析不同放大倍率的病理图像，提取关键特征信息，为计算病理学研究提供基础支持。其采用先进的视觉转换器架构，具备强大的图像处理能力。目前仅向学术研究机构开放使用，需要通过机构邮箱认证。
BCI - Pyramid Pix2pix乳腺癌免疫组织化学图像生成框架
GithubPyramidPix2pix乳腺癌免疫组织化学图像生成开源项目深度学习
BCI项目开发了Pyramid Pix2pix框架,实现HE到IHC乳腺癌图像的高质量转换。项目提供开源代码、数据集和预训练模型,支持1024x1024分辨率图像生成。研究人员可利用BCI资源开展乳腺癌图像分析和生成研究。
hibou-L - 专注数字病理学的预训练视觉Transformer模型
DINOv2GithubHibou-LHuggingface医学影像开源项目模型病理学视觉转换器
面向数字病理学的视觉Transformer模型，通过12亿张医疗图像数据集训练而成。模型专注于病理图像特征提取，可应用于多种病理分析任务，并通过transformers库实现便捷部署。
Virchow - 自监督视觉模型实现病理图像顶尖性能
GithubHuggingfacePyTorchVirchowVision Transformer图片特征提取开源项目模型计算病理学
Virchow是通过1.5百万张病理学图像预训练的自监督视觉模型，适用于特征提取和多种计算病理学应用。采用ViT-H/14架构，具有32层和1280维度嵌入，优化于PyTorch和timm框架中高效运行，适合GPU混合精度模式。用户需遵守开源许可证，并可在HuggingFace平台获取。Virchow可根据具体数据集或应用需求进行细调整合。
HistomicsTK - 数字病理图像分析的Python工具包，支持独立和网络集成
Digital Slide ArchiveGithubHistomicsTKHistomicsUIPython开源项目病理影像分析
HistomicsTK是一个用于数字病理图像分析的Python包，可以独立使用或作为Digital Slide Archive的插件。通过HistomicsUI执行图像分析任务，其功能可通过slicer cli web扩展，允许开发者集成自己的图像分析算法。借助机器学习技术和多分辨率图像，HistomicsTK帮助研究组织学、临床结果及基因数据的关系。适用于路径学家和算法研究者，提供如颜色归一化和细胞核分割等功能，支持Linux、Windows和OSX的安装指南。详细信息请访问官网。
plip - 病理学视觉语言基础模型 革新AI分析
AIGithubPLIP开源项目病理学视觉语言模型预训练模型
PLIP是首个针对病理AI的视觉和语言基础模型，通过大规模预训练实现病理图像和文本描述的特征提取。作为CLIP模型的改进版，PLIP支持图像文本编码和相似度计算，可通过多种API方式使用。该模型为病理图像分析提供新的研究工具，助力医疗AI在病理诊断和研究中的应用。
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