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ColabFold

基于Google Colab的蛋白质结构预测工具

ColabFold是一个基于Google Colab的开源项目,整合了AlphaFold2和RoseTTAFold等先进工具,为蛋白质结构预测提供便捷解决方案。该项目支持单体和复合物预测,采用MMseqs2进行快速序列搜索,并可选用模板。ColabFold具有用户友好的界面,持续更新以提供最新的预测技术,是研究人员进行蛋白质结构分析的有力工具。

deepcell-tf - 用于单细胞生物图像分析的深度学习库
Githubdeepcell-tf单细胞分析开源项目时间序列数据深度学习细胞分割
DeepCell-tf是一个用于生物图像单细胞分析的深度学习库,基于Python和TensorFlow 2构建,提供预训练模型用于图像数据分析,并支持开发新的深度学习模型。其特色包括细胞分割和追踪模型的应用,处理2D、3D图像和时间序列数据。此外,还能结合DeepCell Toolbox、DeepCell Tracking和DeepCell Kiosk等工具进行预处理、追踪和大数据集云端部署。该库支持GPU加速,提供详细文档和示例,方便快速上手和模型训练。
chrombpnet - 深度学习模型分析染色质可及性和调控序列
ChromBPNetGithub开源项目染色质可及性深度学习转录因子顺式调控
ChromBPNet是一个用于分析染色质可及性数据的深度学习模型。它采用偏差因子化和全卷积神经网络,能在碱基分辨率上揭示调控序列特征、转录因子结合位点和调控变异。通过自动校正实验偏差,该模型可准确捕捉染色质轮廓的多尺度特征,为研究基因调控提供了新的计算工具。
torchmd - 开源分子动力学模拟框架
GithubPyTorchTorchMD分子动力学力场开发开源项目神经网络势能
TorchMD是一个开源的分子动力学模拟框架,基于PyTorch构建。它为研究人员提供简单易用的API,支持力场开发和神经网络势能的无缝集成。TorchMD使用与传统MD软件兼容的化学单位,适用于多种分子模拟任务。该项目正在积极开发中,由Chan Zuckerberg Initiative和Acellera资助,并与OpenMM和ACEMD展开合作。TorchMD适用于蛋白质折叠、药物设计、材料科学等领域的分子动力学研究。研究人员可以利用TorchMD快速开发和测试新的力场模型,推进计算化学和生物物理学的发展。
DNABERT - DNABERT:用于基因组DNA语言处理的双向编码器模型
BERTDNABERTGPUGithub基因组开源项目预训练模型
DNABERT提供完整的源码、使用示例、预训练和微调模型,适用于各类基因组DNA语言处理任务。该项目利用Huggingface的扩展工具,增添了多任务支持和高效的可视化功能。最新版DNABERT-2不仅提升了多物种基因组的处理能力,还发布了全面的Genome Understanding Evaluation (GUE)基准测试,涵盖28个数据集。
ChatTTS_colab - 一键部署简易语音合成,支持多种功能
ChatTTSColabGithub分角色朗读开源项目长音频生成音色抽卡
ChatTTS_colab 是基于 ChatTTS 的简易部署项目,支持流式输出、音色抽卡、长音频生成和分角色朗读。通过点击 Colab 按钮即可在浏览器中运行,无需复杂环境配置。项目提供稳定的说话人音色库,可以根据性别和年龄查找适合的音色。提供多个下载链接及详细使用指南,兼容多种操作系统,并附有常见问题解答,方便用户快速上手。
esm2_t48_15B_UR50D - 大规模蛋白质语言模型用于多样化蛋白质序列分析
ESM-2GithubHuggingface开源项目模型深度学习生物信息学自然语言处理蛋白质模型
作为ESM-2系列中参数量最大的蛋白质语言模型,esm2_t48_15B_UR50D拥有480亿参数。该模型采用掩码语言建模方法训练,可应用于多种蛋白质序列分析任务。虽然模型性能优异,但也需要较高的计算资源。研究人员可利用该模型进行蛋白质功能预测、结构分析等研究,为蛋白质科学领域带来新的突破。
Graphormer - 优化分子科学中的AI研究和应用
Azure Quantum ElementsGithubGraphormer分子建模开源项目材料科学药物发现
Graphormer是一个深度学习包,用于加速分子科学中的AI研究和应用,如材料发现和药物发现。它支持PyG、DGL、OGB和OCP的数据接口,并采用fairseq框架。提供PCQM4M和PCQM4Mv2的预训练模型,特别适合大规模分子建模任务。优化的预训练版本可在Azure Quantum Elements上使用。
AI Collective - 全面整合领先AI模型的智能平台
AI CollectiveAI工具人工智能内容创作多模型平台节省成本
AI Collective整合了50多种领先AI模型,包括GPT-4、Claude和Gemini。平台提供多AI聊天、图像生成、代码辅助和文档分析等功能,并配备大量预设提示和AI助手。用户通过单一界面即可访问多个AI,轻松创建独特内容,同时节省订阅费用。从内容创作到编程开发,AI Collective为各种应用场景提供全面的智能解决方案。
Alpaca-CoT - 一站式AI指令调谐与语言处理平台
Alpaca-CoTGithub参数效率大型语言模型开源项目指令调优平台统一界面
Alpaca-CoT,一款集成指令收集、参数效率优化和语言处理的AI工具,提供统一与高效的用户界面, 适用于处理复杂的语言模型任务,增强操作的精确度及效能。
SwanLab - 开源AI实验跟踪工具 支持多框架集成及云端协作
GithubSwanLab协作可视化实验跟踪开源项目机器学习
SwanLab是一款开源的AI实验跟踪工具,支持跟踪超参数、记录指标、在线协作和分享实验链接。该工具可与PyTorch、TensorFlow等主流框架集成,同时支持离线模式和自托管。SwanLab提供用户友好的API和直观界面,适用于个人研究和团队项目,能够帮助研究人员高效管理、比较和协作AI实验。
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