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ColabFold

基于Google Colab的蛋白质结构预测工具

ColabFold是一个基于Google Colab的开源项目,整合了AlphaFold2和RoseTTAFold等先进工具,为蛋白质结构预测提供便捷解决方案。该项目支持单体和复合物预测,采用MMseqs2进行快速序列搜索,并可选用模板。ColabFold具有用户友好的界面,持续更新以提供最新的预测技术,是研究人员进行蛋白质结构分析的有力工具。

RevCol - 多任务计算机视觉的新型架构
GithubRevCol图像分类开源项目目标检测计算机视觉语义分割
RevCol是一种新型神经网络架构,采用多个子网络(列)通过多层可逆连接组成。作为基础模型骨干,RevCol适用于图像分类、目标检测和语义分割等计算机视觉任务。该架构在ImageNet等基准测试中表现优异,项目提供了训练和评估代码,以及多个数据集上的预训练模型权重,方便研究人员进行进一步探索。
galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台,为科研人员提供用户友好的界面,支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域,集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源,包括在线帮助、文档和培训材料,便于用户快速上手和充分利用平台功能。
DMFF - 革新分子模拟和力场参数化的全可微分子力场
DMFFGithub分子力场参数优化开源项目机器学习自动微分
DMFF是一个基于Jax的Python包,实现全可微分子力场模型。它简化力场参数化,支持点电荷和多极化模型,适用于水、生物大分子和有机聚合物系统。DMFF集成自动微分技术和AI优化,支持GPU加速,为分子系统研究和力场开发提供高效工具。
REINVENT4 - 人工智能驱动的多功能分子设计工具
GithubREINVENT分子设计化学信息学开源项目强化学习迁移学习
REINVENT 4是一款基于强化学习的先进分子设计工具,支持从头设计、骨架跳跃和R基团替换等多种任务。它根据多组分评分标准生成优化分子,并通过迁移学习提高设计效率。该工具兼容Linux、Windows和MacOS平台,支持GPU和CPU运行,为药物研发和化学创新提供了有力支持。
molfeat - 多功能分子特征提取框架
Githubmolfeat分子特征提取化学信息学开源软件开源项目机器学习
molfeat是一个开源的分子特征提取框架,集成多种预置分子特征提取器。它提供简洁高效的API,统一预训练分子嵌入和传统特征提取方法。框架支持通过插件扩展自定义特征提取器,并采用缓存机制优化性能。作为分子特征化的综合解决方案,molfeat适用于广泛的分子建模和分析应用场景。
papers.cool - 智能化学术论文浏览与分析平台
AIArxivCool PapersGithubKimi开源项目论文阅读
papers.cool是一个智能化学术论文浏览平台,提供多学科论文实时更新、智能摘要生成和全文搜索功能。平台集成机器翻译、LaTeX渲染等工具,支持论文筛选、收藏和分享。通过持续优化用户体验和功能更新,papers.cool旨在提高研究人员的学术效率。该平台支持arXiv多学科论文的实时更新和浏览,致力于提升学术研究效率。
stable-diffusion-colab - Stable Diffusion Hyper-SDXL模型在Colab上的简易部署与使用
AI绘图ColabGithubStable Diffusion开源项目文本生成图像深度学习
该项目为Stable Diffusion Hyper-SDXL模型提供了Colab部署方案。用户可通过简单的文本提示生成高分辨率创意图像,如火星上骑马的宇航员或埃菲尔铁塔前用餐的皮卡丘。项目采用先进的潜在扩散模型技术,并集成了LCM-LoRA加速模块,有效提升了图像生成效率。
evo - 实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具
DNA建模EvoGithub基因组尺度序列设计开源项目生物基础模型
Evo是一个开源的生物基础模型,专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构,Evo实现了单核苷酸级别的序列建模,具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数,在OpenGenome数据集上训练,包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型,适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo,为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。
En-transformer - 融合等变图神经网络与Transformer的创新架构
E(n)-Equivariant TransformerGithub坐标变换开源项目注意力机制神经网络蛋白质设计
En-transformer是一个创新的开源项目,结合了E(n)等变图神经网络与Transformer架构。支持原子和键类型嵌入,处理稀疏邻居,传递连续边特征。已应用于抗体CDR环设计,并可用于蛋白质骨架坐标去噪等分子建模任务。项目提供简便的安装和使用方法,适合研究人员和开发者探索。
DNA-Diffusion - 扩散模型生成调控DNA序列的新方法
DNA DiffusionGithub人工智能基因组学开源项目生成模型调控序列
DNA-Diffusion项目利用扩散概率模型生成调控DNA序列。该项目开发基于文本提示的模型,生成特定细胞类型或上下文相关的DNA序列。这些序列具有特定调控特性,如细胞特异性染色质状态、基因表达水平调控或转录因子结合位点。该研究旨在深化对正常发育和疾病中DNA调控序列特性的理解。
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